CÐái chết của Che Guevara ở giữa rừng Bolivia ngày 6 tháng 10 năm 1967 là một trong những sự kiện quan trọng trong lịch sử cách mạng Cuba ở thập niên 1960. Bên ngoài những bí ẩn chưa sáng tỏ quanh chuyện Che sống và chết ở Bolivia, sự ra đi của Che có ảnh hưởng sâu xa tới việc phát triển các chính sách trong nước và quốc tế của Fidel Castro. Che là một trí tuệ và tinh thần độc lập trong tổ chức chính quyền của Fidel. Lý do Che Guevara rời khỏi Cuba đã được ông ghi trong thư thế này, “có những vùng đất khác trên thế giới cần đến nỗ lực khiêm tốn cuœa tôi,” và ông xin từ bỏ mọi chức vụ ở Cuba cũng như quyền công dân ở Cuba. Tháng 10 năm 1965, Fidel đã đọc thư của Che tại hội nghị ủy ban Trung ương đảng Cộng sản Cuba khiến mọi người đều xúc động. Khi ấy trông ông thật buồn. Trong thư Che có đoạn “tôi cảm thấy mình đã hoàn thành nhiệm vụ vốn ràng buộc tôi với Cách Mạng Cuba ở đất nước này. Giờ tôi xin tạm biệt anh cùng nhân dân của anh mà giờ đây cũng đã là của tôi.” Có lẽ Che, bấy giờ là bộ trưởng công nghiệp, đã cảm thấy muốn thử thách ở những chiến trường mới sau khi cách mạng Cuba đã ổn định.
Guevara rời Cuba ngày 20 tháng 4 năm 1965 đến Bolivia gầy dựng lực lượng cách mãng giúp họ giải phóng dân tộc như cuộc cách mạng ỏ Cuba. Lần cuối cùng mọi người thấy Che ở Cuba là là ngày 15 tháng 3 khi được Fidel và Chủ Tịch Dorticós đón ở sân bay sau chuyến đi Châu Phi và Châu Á.
Nhiệm vụ ở Bolivia của Che còn nguy hiểm hơn cả lúc đổ bộ từ chiếc Granma một thập kỷ trước, song Fidel cũng đồng tình với chuyện này bởi ít nhất ông đã gửi quân vào đội du kích của Che, trang bị và hỗ trợ tài chánh cho cuộc viễn chinh và giữ liên lạc vô tuyến với Guevara cho đến những ngày cuối cùng.
Ngày 9 tháng 10, Fidel hay tin Che Guevara bị bắt và bị bọn biệt kích Bolivia hành hình. Ông rất đau buồn và tuyên bố quốc tang trên cả nước. “Nếu tôi phải trải qua những giờ phút sau cùng của mình ở một phương trời xa lạ, những suy nghĩ cuối cùng của tôi sẽ dành cho nhân dân của đất nước này, và đặc biệt là dành cho anh” (thư tạm biệt của Che). Những lời nói này đã mãi lưu lại trong lòng Fidel cũng như trong lòng toàn dân Cuba. Hình ảnh và áp phích về Che ngày nay được đặt ở những nơi trang trọng nhất. Anh đã trở thành biểu tượng của cách mạng Cuba.
Trong quá trình xây dựng xã hội mới, Fidel đã gặp phải không ít khó khăn. Fidel muốn áp dụng kết hợp chủ nghĩa xã hội và chủ nghĩa cộng sản vì theo ông, cách thức của cộng sản là mỗi người cho theo khả năng và nhận theo nhu cầu còn cách thức xã hội chủ nghĩa là mỗi người cho theo khả năng và nhận theo công việc. Fidel định nghĩa Chủ Nghĩa Marx Lenin của Cuba như thế này: “Lương phải được trả theo công việc và khả năng nhưng giáo dục thì miễn phí.”
Ðối với Fidel và Cuba, năm 1968 là thời gian khó khăn nhất kể từ khi cách mạng thành công: Những thách thức còn lớn và phức tạp hơn cả cuộc xâm lăng ở Vịnh Con Heo và khủng hoảng tên lửa bởi vấn đề liên quan tới cốt lõi chính quyền cách mạng. Tuy nhiên chính quyền Johnson không hề hay biết về những vấn đề nhạy cảm trong chính phủ Fidel lúc bấy giờ. Có lẽ họ đã bị phân tâm vì cuộc tấn công Tết Mậu Thân ở Việt Nam và hậu quả cuœa vụ này hơn là lo chú ý tới đảo quốc nhỏ ở Caribê, vốn không phải là hiểm họa sắp đến đối với Mỹ.
Ðể tưởng nhớ Che Guevara, Fidel chọn năm 1968 là “Năm Anh Hùng,” và để vượt qua giai đoạn khó khăn này, Fidel đã phải hết sức mạnh mẽ. Mọi chuyện đều quá tệ hại: Kinh tế đang trên bờ vực thẳm, sản lượng ở mọi ngành đều sụt giảm. Cơn bão Inez tàn khốc và vụ đại hạn năm 1968 đã khiến tình hình càng xấu thêm.
Cuối tháng ba năm 1968, nhân kỷ niệm ngày sinh viên tấn công dinh Batista, Fidel tuyên bố làm cách mạng cơ bản ở Cuba, Fidel quốc hữu hóa thành phần kinh tế tư nhân và vận động nhân lực Cuba tham gia sản xuất nông nghiệp, đặc biệt là dự án về sản lượng đường ông đã định cho năm 1970.
Sau đó ông nói chuyện rất lâu trước hàng trăm ngàn người ở trường đại học Havana về những điểm mốc của cách mạng. Trong đó, ông đưa ra hàng loạt các số liệu về sản lượng sữa và số hàng nhập khẩu, cùng các lãnh vực khác như nông nghiệp, ngư nghiệp, dân số, hệ thống giáo dục và thể thao... Thông điệp kinh tế này nêu bật những gì cách mạng đã đạt được, đoạn quay sang chê trách nạn ăn không ngồi rồi, ăn bám và bóc lột vẫn còn trong nước.
Năm 1968, Fidel đã phải làm mọi cách để ngăn nền kinh tế Cuba khỏi sụp đổ vì tình trạng thiếu dầu. Ông biết nếu Liên Xô không tăng cường trợ giúp thì kế hoạch phát triển kinh tế sẽ không thể nào thực thi được. Cuối cùng, để cứu vãn cho tình hình trong nước ông đành phải ngưng việc hô hào đấu trông cách mạng trong Thế Giới Thứ Ba lại một thời gian.