Hằng năm, mộc phù dung thường ra hoa vào khoảng tháng 10 hoặc tháng 11, và hoa thường chỉ mọc ở đầu cành hoặc sát thân cây. Cánh hoa tròn và mang vẻ đẹp dịu dàng. Khi mộc phù dung ra hoa, màu sắc của hoa vào buổi sáng, buổi trưa và buổi chiều không giống nhau. Buổi sáng hoa có màu trắng sữa, buổi trưa chuyển sang màu hồng và buổi chiều biến thành màu đỏ sẫm.
Tại sao màu của hoa mộc phù dung lại thay đổi đến 3 lần trong một ngày như vậy? Để giải thích bí mật này trước hết hãy bắt đầu từ việc tại sao các loài hoa lại có màu sắc. Các nhà khoa học phát hiện ra rằng trong dịch tế bào của các tế bào trên cánh hoa có chứa một loại chất gọi là chất chỉ thị màu. Chất chỉ thị màu có màu sắc khác nhau, mỗi loài hoa khác nhau thì chất chỉ thị màu cũng khác nhau, ngay bản thân một loài hoa cũng có thể khác nhau về màu sắc của chất chỉ thị màu. Sự thay đổi màu được quyết định bởi dịch của tế bào đó mang tính kiềm hay tính axit. Nếu dịch tế bào có tính axit thì chất chỉ thị màu sẽ có màu đỏ, nếu dịch tế bào có tính kiềm thì chất chỉ thị màu sẽ có màu xanh lam. Các loài hoa có nhiều màu sắc khác nhau chính là sự biểu hiện của chất chỉ thị màu. Đối với mộc phù dung, do tác dụng của ánh sáng mặt trời và độ ẩm khiến cho độ kiềm và độ axit trong dịch tế bào thay đổi, màu hoa vì thế cũng thay đổi theo.