Hồ Hoàn Kiếm (hay hồ Gươm) đã đi vào tâm thức của nhiều thế hệ người Việt Nam bởi truyền thuyết Lê Lợi trả gươm cho thần Kim Quy sau khi đánh tan quân xâm lược nhà Minh thế kỷ XV. Thông điệp của truyền thuyết không chỉ dừng lại ở khát vọng hòa bình mà nó còn bài học về chữ tín: mượn thì phải trả. Đầu thế kỷ XX, thanh gươm trong truyền thuyết đã được họa sỹ thiết kế đưa vào huy hiệu của Hà Nội và huy hiệu này tồn tại cho đến năm 1945.
Nói đến hồ Hoàn Kiếm, không thể không nói đến di tích văn hóa đền Ngọc Sơn, cầu Thê Húc và đài Nghiên, tháp Bút, không thể không nói đến Nguyễn Siêu, người mà vua Tự Đức ca ngợi:
Văn như Siêu Quát vô Tiền Hán,
Thi đáo Tùng Tuy thất Thịnh Đường.
Nguyễn Siêu có công lớn là sửa chữa, cải tạo nâng tầm văn hóa của các di tích này vào năm 1865. Như thế vẫn chưa đủ, bởi ở hồ Hoàn Kiếm còn có Tháp Rùa. Dù kiến trúc có sự khác biệt so với các tháp ở Hà Nội và không có nhiều giá trị về kiến trúc nhưng Tháp Rùa gây sự chú ý của người dân Hà Nội và những ai quan tâm. Cuối thế kỷ XIX, Tháp Rùa gây xôn xao Hà Nội, nhất là giới văn sỹ khi chính quyền Pháp quyết định đặt tượng Nữ thần Tự do lên đỉnh tháp. Nhạo báng ý tưởng này, báo Tương lai Bắc Kỳ (Avenir du Tonkin) cuối năm 1890 viết: "Tượng Nũ thần Tự do ở trên nóc ngôi chùa đó là sự thắng lợi lớn của ánh sáng đối với chính sách ngu dân. Nhưng tại sao người ta không đặt tượng lên lên chùa Trấn Vũ hay gác chuông nhà thờ?" Tượng Nữ thần Tự do trên đỉnh Tháp Rùa là phiên bản thu nhỏ của bản gốc hiện đang sừng sững ở New York. Tác giả của bức tượng này là Frédéric Auguste Bartholdi (1834-1904) người Pháp. Tháp Rùa lại ồn ã khi lá cờ đỏ sao vàng tung bay đúng ngày sinh nhật Hồ Chí Minh, 19-5-1948, nhiều người dân xa khu vực trung tâm nghe tin đã đi tàu điện lên ngắm lá cờ. Để dập tắt tình cảm của dân Hà Nội với Việt Minh, Pháp đã truy lùng, bắt và sát hại tất cả anh em trong tổ treo cờ gồm: Nguyễn Trọng Quang, Nguyễn Sĩ Vân, Nguyễn Văn Khâm, Minh Đông, Nguyễn Đức Minh, An Văn Bình... Tại Hội chợ Thương mại Hà Nội năm 1952, ban tổ chức cho làm cầu gỗ hai bên có hình rồng từ nhà Hội Khai Trí Tiến Đức (nay là Nhà hát Ca nhạc nhẹ Trung ương – 16 Lê Thái Tổ) ra tháp và chiếc cầu làm tạm suýt sụp vì dân chúng thăm Tháp Rùa quá đông. Khi ngành văn hóa tu bổ tháp vào đầu những năm 1990 đã gây xôn xao dư luận khi thấy nó xa lạ, không giống những gì họ đã từng thấy. Và nhà thơ Nguyễn Thụy Kha đã có ý kiến bằng thơ:
Nhìn em phấn son thâm quầng khách sạn
Tội nghiệp như mầu vôi mới Tháp Rùa
Rồi năm 2000, một cô cave bơi ra tháp, lên tầng ba uống thuốc ngủ tự vẫn nhưng không chết khi Công an quận Hoàn Kiếm phát hiện và đưa vào cấp cứu ở bệnh viện Việt-Đức.
Ngoài những sự kiện đó thì do nằm ở vị trí trung tâm thành phố nên bất cứ ai qua đây không thể không chú ý đến Tháp Rùa. Còn với tất cả những ai sinh ra, lớn lên và giã từ kiếp người ở Hà Nội khó có thể nhớ hết họ đã đi qua, ngắm Tháp Rùa bao nhiêu lần, vì nó là chuyện thường ngày. Tựa đôi đũa dùng để ăn cơm. Nhưng Tháp Rùa do ai xây lại không nhiều người biết và nếu có biết thì đó là ông Bá Kim nào đó xây để chôn cất hài cốt tiền nhân...
Tháp được xây dựng trên một gò đất nổi lên trên mặt nước giống như mai rùa (nên gọi là gò Rùa) rộng khoảng 350 mét vuông. Trước đó, trên gò Rùa là nơi hóng gió và nơi câu cá của chúa Trịnh. Tháp có hình chữ nhật cao ba tầng, tầng dưới xây rộng hơn, rồi thu nhỏ dần lên tầng trên, các mặt phía đông và tây có chiều dài là 6,28 mét. Phía nam và bắc rộng 4,54 mét. Hai tầng có lan can chạy xung quanh. Bốn đầu đao đắp uốn cong dần lên vào giữa đỉnh, trên đỉnh có hình ngôi sao năm cánh. Tầng một xây trên móng cao 0,8 mét mở ra ba cửa, còn chiều ngang mở ra hai cửa, tất cả là mười cửa, đỉnh cửa nhọn như cửa các nhà thờ Thiên chúa giáo. Bên trong tầng này phân ra ba gian, các gian thông với nhau bằng các cửa ngăn, đỉnh cũng nhọn như tất cả các cửa khác. Cả tầng có 4 cửa ngăn, tổng cộng mười bốn cửa. Tầng hai xây lùi vào một chút, chiều dài 4,8 mét, chiều rộng 3,64 mét, cũng chia ra ba gian, kiến trúc y như tầng một với mười bốn bộ cửa nhưng nhỏ hơn. Tầng ba thu nhỏ hơn nữa, dài 2,97 mét, rộng 1,9 mét, chỉ mở một cửa hình tròn ở mặt phía Đông, đường kính 0,68 mét. Sát tường phía tây có một bàn thờ, không rõ thờ ai và có từ lúc nào. Tầng đỉnh chỉ như một vọng lâu, vuông vức, mỗi bề hai mét. Trên tường mặt phía Đông, bên trên cửa tròn của tầng ba có ba chữ Quy Sơn Tháp (nghĩa là Tháp Núi Rùa). Như vậy, từ nền đất Gò Rùa lên đến đỉnh tháp là 8,8 mét. Ngôi tháp có kiến trúc giao thoa giữa kiến trúc Pháp và kiến trúc bản địa tạo nên nét đẹp độc đáo, riêng biệt. Trên báo Tiền Phong năm 2000, Tiến sỹ toán học Nguyễn Xuân Tấn có bài viết Tháp Rùa nhìn dưới góc độ toán học. Theo tiến sỹ Tấn thì đỉnh tháp và hai điểm ngoài cùng của chân tháp mặt phía đông và phía tây trùng với ba đỉnh của ngôi sao năm cánh, cạnh ngang của ngôi sao trùng với lan can tầng hai. Điểm giao cắt của đáy ngôi sao trùng với điểm giữa cửa giữa của tầng một. Hai điểm giao cắt ở phía dưới ngôi sao trùng với điểm cao nhất của hai vòm cửa. Tiến sỹ Tấn cho rằng, người thiết kế tháp có sự am hiểu về hình học. Không chỉ am hiểu hình học, người thiết kế còn có kiến thức về kiến trúc cổ điển Pháp và kiến trúc chùa Việt Nam. Cho đến nay, không tìm thấy bất cứ tài liệu nào nói về người thiết kế Tháp Rùa. Chuyện kiến trúc Tháp Rùa có liên quan đến một trúc sư nổi tiếng quê Đà Nẵng là Phạm Văn Hạng, ông Hạng kể, một lần ông ra Hà Nội, ghé thăm nhà văn Nguyễn Tuân, tình cờ lại gặp cả nhạc sỹ Văn Cao. Nguyễn Tuân hỏi Phạm Văn Hạng về kiến trúc Hà Nội, Hạng mạnh dạn bảo kiến trúc Tháp Rùa không phải người Việt thiết kế, nhạc sỹ Văn Cao nổi xung chỉ tay "Thằng này cút ngay", nhưng Nguyễn Tuân lại bảo "Mày được đấy, ở lại uống rượu với tao ", sau đó ông hỏi vì sao lại khẳng định như vậy, bằng kiến thức chuyên môn, Hạng đã chứng minh cho Nguyễn Tuân và Văn Cao, khiến cả hai cụ đều gật gù.
Tư liệu được cho là cổ nhất tính đến thời điểm này về Tháp Rùa là của Paul Bourde, phóng viên thường trú báo Le Temps tại Hà Nội. Trong cuốn Từ Paris đến Bắc Kỳ (De Paris au Tonkin – Paris,1885), Paul Bourde mô tả Tháp Rùa như sau: "Ở đằng xa trên một hòn đảo còn nhỏ hơn nữa có một cái chùa khác mang hình tháp, một công trình kiến trúc ba tầng của một chủ hiệu bánh người Hoa." Cuốn Những ngôi chùa Hà Nội (Les pagodes de Hanoi – xuất bản năm 1887) của Gustave Dumoutier (1850-1904) là tư liệu thứ hai về Tháp Rùa, tác giả viết: "Đó là một công trình bé nhỏ có nhiều tầng, các vòm cửa hình cánh cung nhọn, công trình này mới có khoảng chục năm nay. Nó được xây dựng trên vị trí một ngôi đền nhỏ trước đó thờ thần hồ. Bên trong, trên tường sơn hai chữ Vinh-Bao đó là tên của viên quan đã xây công trình này. Ông ta trước đây ba năm làm tri phủ phủ Thường Tín rồi về làm thương biện phủ Hoài Đức, sau dính vào một vụ chính trị nên năm 1886 bị cách chức và quản thúc ở Hà Nội. Trên đỉnh công trình, một bên có chữ Vong-dinh và bên kia chữ Qui-son thap." Tư liệu thứ ba là một tấm bản đồ về sông hồ Hà Nội, bắt đầu vẽ từ tháng 12 năm 1884 hoàn thành vào tháng 5 năm 1885, không ghi ai vẽ, ngay sát Tháp Rùa họ chú thích Tháp Ba Kim bằng chữ Pháp. Trong cuốn Ở Bắc Kỳ: Ghi chép và kỷ niệm (Au Tonkin-notes et souvenirs – Hà Nội, 1925) của Bonnal, ông này là công sứ đầu tiên ở Hà Nội từ năm 1883 đến năm 1885. Bonnal viết: "Một ngôi chùa hình bát giác không có phong cách và cũng không có giá trị đã được xây dựng cách đây vài năm bởi một người lĩnh trưng thu thuế đánh cá tên là Nguyen Huu Kiem, thường gọi là Ba Ho Kiem. Ngôi chùa xây trên địa điểm của một ngôi đền nhỏ cũ thờ vị thần hồ, chùa có tên Quy Son Thap," đó là tư liệu thứ tư. Tài liệu thứ năm là cuốn Hà Nội xưa (Le vieux Tonkin) gồm hai tập, tập thứ nhất in ở Sài Gòn năm 1935 và tập hai in ở Hà Nội năm 1941. Cuốn sách này do Claude Bourrin tập hợp các bài báo viết về Hà Nội từ năm 1884 đến 1894. Claude Bourrin là một nhân viên thuế ở Bắc Kỳ từng sống và làm việc ở Hà Nội từ năm 1898, phần về Tháp Rùa, ông viết: "Tháp Rùa chính tên là Quy Son Thap xây khoảng năm 1877. Theo G.Dumoutier thì do một viên quan tên là Vinh-Bao đứng xây. Theo Bonnal thì người xây là Ba Ho Kiem. Công trình này thay cho cho một ngôi miếu nhỏ thờ thần hồ. Vinh-Bao và Ba Ho Kiem chỉ là một người vì Ba Ho Kiem (đúng ra là Nguyen Huu Kim) cũng là một viên quan."
Về tư liệu bằng chữ Việt viết "có đầu có cuối" nằm trong hai cuốn: Cổ tích và thắng cảnh (NXB Văn hóa, H.1959) của Doãn Kế Thiện và Hồ Hoàn Kiếm và đền Ngọc Sơn (NXB Trẻ, năm 2003) của Nguyễn Vinh Phúc. Doãn Kế Thiện (1891-1965) là nhà báo, dịch giả chữ Hán, người nghiên cứu Hà Nội và là nhà Nho hoạt động cách mạng. Từ 1914 đến 1920 cụ viết cho Nam Phong Tạp chí, Trung Bắc Tân văn, Thực Nghiệp, Khai Hóa, Mới, Trung Bắc Chủ nhật... Tên cụ đã được đặt cho một con phố ở quận Cầu Giấy năm 2009. Về Tháp Rùa cụ viết: "Gò Rùa là nơi chúa Trịnh dựng tả Vọng đình để làm nơi nghỉ mát trong mùa hè. Năm 1884, một tên tay sai của Thực dân Pháp là Bá Kim hay Thương Kim tin thuyết phong thủy nói gò này là kiểu đất ‘vạn đại công khanh’ để được hài cốt tiền nhân vào đó con cháu sẽ muôn đời nối nhau làm quan cao chức trọng. Bá Kim thèm muốn đất ấy nhưng vì là đất công nên không dám tự tiện. Về sau (bấy giờ chùa Báo Ân vẫn ở trên bờ hồ phía đông vẫn còn) y mượn cớ xin với nhà chùa và lấy thế thực dân và bọn Việt gian Nguyễn Hữu Độ xin tự bỏ tiền nhà xây một ngọn tháp trên Gò Rùa để làm hậu chẩm cho ngôi chùa. Đã được phép làm nhưng theo ý mọi người, y phải để nguyên Tả vọng đình, đào móng xây thêm cho vững chắc rồi xây các tầng tháp lên trên đỉnh. Y liền lập tức cho khởi công. Để thực hiện âm mưu đen tối, y dùng riêng một số tay chân làm thợ nề dự định ngay đêm khai móng chờ đến khuya tối giời, đem hài cốt cha mẹ để sẵn trong hai cái quách nhỏ ngầm chôn xuống giữa gò, rồi lấp kín định hôm sau sẽ xây thành nền tháp cao. Việc y làm rất kín đáo, tưởng không ai biết, đinh ninh từ đó đất Gò Rùa là đất lành muôn đời phát phúc của nhà y. Nhưng một việc xảy ra không ngờ: Sáng hôm sau, y hớn hở cùng người nhà và thợ nề vừa ra tới gò thì bỗng kêu giời và ngã ra, hai cái quách gỗ bị quật lên từ lúc nào chỉ còn quách không, hai bộ hài cốt đều không thấy đâu nữa. Thì ra đã bị bới lên quăng cả xuống hồ. Không thực hiện được âm mưu, nhưng đã hứa với mọi người là xây tháp, không thể bỏ được y đành phải cắn răng tiếp tục làm cho xong việc... Riêng thực dân Pháp thì thưởng công cho y bằng cách gọi tên tháp ấy là tháp Bá Kim. Tuy nhiên, mỗi khi chúng ta tới thăm hồ, đứng xa trông ngắm, ba chữ ‘Tả vọng đình’ vẫn còn ẩn hiện..." Cuốn Lịch sử Thủ đô Hà Nội (NXB Sử học, 1960) do Trần Huy Liệu chủ biên cũng lấy lại gần như nguyên phần Tháp Rùa của sách Cổ tích và thắng cảnh Hà Nội, do vậy không tính đây là tài liệu.
Phần Tháp Rùa trong Hồ Hoàn Kiếm và đền Ngọc Sơn của Nguyễn Vinh Phúc khá đầy đủ, từ kiến trúc đến chiều dài chiều rộng, chiều cao... Ông Nguyễn Vinh Phúc (1927-2012) là nhà giáo, viết nhiều sách về Hà Nội và người ta gọi ông là nhà "Hà Nội học". Ông Phúc đưa ra nhận định khi cho rằng Bonnal viết sai chữ Kim thành chữ Kiem và Nguyễn Hữu Kim chứ không phải Nguyen Huu Kiem. Ông kể đã được xem gia phả của chi trưởng và gia phả của chi thứ năm dòng họ Nguyễn Hữu ở làng Cựu Lâu (thời Nguyễn làng thuộc huyện Thọ Xương nay là khu vực Tràng Tiền, Hàng Khay) nên có thêm một số chi tiết mới: Bá Kim tên thật là Nguyễn Hữu Kim (1832-1901) có tên khác là Liên (Nguyễn Hữu Liên), hiệu Chu Ái. Bá Kim là hào mục làng Cựu Lâu được hàm Bá hộ, ông có một cửa hàng bán đồ khảm trai tên là Vĩnh Bảo... Trong tư liệu của người Pháp và Doãn Kế Thiện, không có một chữ nào đề cập đến chỗ ở, quê quán của Ba Ho Kiem, Vinh-Bao, Nguyen Huu Kiem hay Bá Kim, Thương Kim. Còn theo những trang viết của nhà "Hà Nội học" Nguyễn Vinh Phúc thì Ba Ho Kiem, Nguyen Huu Kiem, Vinh-Bao chỉ là một người và người đó tên là Nguyễn Hữu Kim (Nguyễn Hữu Liên), gọi theo chức quan là Bá Hộ Kim người làng Cựu Lâu.
Mới đây, ngày 17-6-2012, nói chuyện với anh Đàm Quang Minh, người có nhiều năm sống cùng gia đình ở Pháp, hiện thường xuyên về Việt Nam. Nhà anh nhiều đời sống ở Hà Nội. Minh kể, bên Pháp gia đình anh quen thân một gia đình trước 1954 sống ở Hà Nội. Ông bà này năm nay ngót nghét chín mươi tuổi. Ông là người Hoa nói thạo tiếng Việt nhưng lơ lớ, còn bà lại là người Việt lai Hoa, trong những lần chuyện trò về Hà Nội với Minh, bà kể đi kể lại chuyện tổ phụ nhà bà đã xây Tháp Rùa. Tôi sẽ tìm cách liên lạc để tìm hiểu độ tin cậy của thông tin, và phải chăng, bước đầu lại hé lộ thêm một chứng cứ nữa về người xây Tháp Rùa?
Tuy nhiều thông tin nhưng không có ai trong những người kể trên đề cập đến bối cảnh chính trị, kinh tế, xã hội thời kỳ đó trong khi các yếu tố này đóng vai trò quan trọng cho việc ra quyết định xây tháp. Ở Bắc Kỳ, từ năm 1870 đến 1883 tình hình chính trị khá phức tạp, dân Hà Nội chạy loạn về các vùng quê rất đông, theo nhà sử học người Pháp Philippe Papin, tác giả của cuốn Lịch sử Hà Nội (đã dịch ra tiếng Việt, Công ty Nhã Nam xuất bản, HN 2010), trong giai đoạn này, quân Cờ Đen của Lưu Vĩnh Phúc, quân triều đình nhà Thanh ở Hà Nội rất đông và có nhiều Hoa kiều ủng hộ quân Cờ Đen. Quân Cờ Đen tuy có công gây tổn thương cho lực lượng viễn chính của Pháp đang xâm chiếm Đông Dương, nhưng chính quân Cờ Đen cũng gây nhiều ta thán, tàn hại thường dân. Một võ tướng bấy giờ là Ông Ích Khiêm không đồng tình khi triều đình Huế mượn sức Cờ Đen chống chọi với quân Pháp. Ông cũng chê trách các quan Việt bất tài, nên khi hữu sự phải nhờ vào người Tàu để đánh giặc:
Áo chúa cơm vua hưởng bấy lâu
Đến khi có giặc phải thuê Tàu
Từng phen võng giá mau chân nhẩy
Ðến buớc chông gai thấy mặt đâu
Tiền bạc quyên hoài dân xác mướp
Trâu dê ngày hiến đứa răng bầu
Ai ôi hãy chống trời Nam lại
Kẻo nửa dân ta phải cạo đầu
Thời kỳ này, nạn cướp bóc diễn ra thường xuyên vào ban đêm vì thế các phố đều có cổng và có người canh. Về thương mại, các nhà buôn Hoa kiều nắm giữ cả xuất khẩu lẫn nhập khẩu các mặt hàng chính yếu, khi người Pháp chiếm Hà Nội năm 1883 đã phải nhờ cậy họ để mua bán hàng hóa phục vụ binh lính. Bài báo của Charles Labarthe đăng trên Tạp chí dư địa (Revue de Géographie) tại Paris năm 1883 viết về người Hoa như sau: "Vào năm 1883, Hà Nội trước hết là thành phố Hoa Kiều... Trên khu phố Hoa kiều được lát đá còn phố phường của người An Nam như thể một đám rong rêu mọc ký sinh". Nếu chỉ căn cứ vào mấy dòng của Paul Bourde mà khẳng định người xây Tháp Rùa là chủ hiệu bánh người Hoa thì không thuyết phục. Song, xâu chuỗi với chuyện Hoa kiều ở Hà Nội đã khéo léo đưa Mã Viện – một viên tướng thời Đông Hán, kẻ từng dẫn quân sang Giao Chỉ và dập tắt cuộc khởi nghĩa của Hai Bà Trưng vào năm 43, vào thờ tại đền Bạch Mã – ở phố Hàng Buồm vốn là nơi thờ thần Long Đỗ – thành hoàng của Thăng Long, rồi lập đền thờ Quan Công ở đền Ngọc Sơn cùng với việc họ giàu có, quan hệ tốt với chính quyền thì việc chủ hiệu bánh người Hoa xây Tháp Rùa rồi chờ cơ hội đưa ai đó vào thờ cũng không thể loại trừ? Ấy là chưa nói đến góc độ tâm linh, người Hoa cũng rất chú ý đến mộ và chuyện mộ Tàu chôn giấu của cải vẫn còn lưu truyền đến ngày nay.
Người xây Tháp Rùa là quan Vinh-Bao theo nhận định của G.Dumoutier cũng rất đáng chú ý. Có thể coi G.Dumoutier là nhà Việt Nam học người nước ngoài đầu vì ông có nhiều công trình nghiên cứu, khảo sát, khảo cổ về lịch sử, văn hóa Việt, đặc biệt là Hà Nội. Ông đã giúp Tổng trú sứ Paul Bert lập Viện Hàn lâm Bắc Kỳ năm 1886. Ông chủ trương hợp tác với Nho sỹ Việt Nam, duy trì chữ Nho và khuyến khích học chữ quốc ngữ. Ông bị phe thực dân cực đoan chủ trương đồng hóa thực trị đả kích và bị Toàn quyền Paul Doumer (1897-1901) buộc phải nghỉ việc và mất ở Đồ Sơn năm 1904, sau 18 năm sống chủ yếu ở Hà Nội. Ông để lại nhiều công trình nghiên cứu trong đó có Những ngôi chùa Hà Nội, cuốn sách là chuyên khảo công phu sớm nhất về các di tích thắng cảnh, lịch sử, tôn giáo Hà Nội, đặc biệt có giá trị trong khảo cứu kiến trúc và văn bia tại chỗ vào thế kỷ XIX. Vài dòng về G.Domoutier để cho thấy phần ông viết về người xây Tháp Rùa là đáng tin cậy. Còn tấm bản đồ về sông hồ ở Hà Nội vẽ đúng vào thời kỳ Bonnal làm công sứ khớp với tư liệu của công sứ Bonnal cho thêm một giả thiết về người xây tháp có thể là Ba Ho Kiem, Ba Kim hay Nguyen Huu Kiem, song liệu có đáng tin khi chính Bonnal là người kiến thiết con đường quanh Hồ Hoàn Kiếm, cải tạo hồ và cho phá các túp lều ở phố Hàng Khảm mà viết Tháp Rùa có hình lục giác chứng tỏ Bonnal không biết nhiều về tháp này.
Dù lấy từ những bài báo xuất bản cuối thế kỷ XIX nhưng sách của Claude Bourrin đến năm 1935 mới xuất bản cuốn đầu. Không có một chứng cứ nào khi ông cho rằng quan Vinh-Bao chính là Ba Ho Kiem. Đọc Đông Dương ngày ấy 1898-1908 (NXB Lao động, 2009) của Claude Bourrin thì thấy rõ ông này mang quan điểm đồng hóa trực trị An Nam của hầu hết quan chức Pháp thời đó. Như vậy ông ta phủ nhận ý kiến của G.Domoutier, người phản đối trực trị là có thể hiểu được. Phần về Tháp Rùa trong Cổ tích và thắng cảnh Hà Nội của cụ Doãn Kế Thiện có nhiều điều phải bàn. Có thể cụ lấy lại tư liệu của Bonnal khi cho rằng người xây tháp là Bá Kim nhưng Thương Kim thì không biết cụ dựa vào tài liệu nào? Về xây tháp để làm hậu chẩm cho chùa Báo Ân, ông Nguyễn Vinh Phúc phản biện trong sách Hồ Hoàn Kiếm và Đền Ngọc Sơn như sau: "Bảo rằng Bá Hộ Kim xây tháp để làm hậu chẩm tức là cái gối cho chùa Báo Ân thì sai. Bởi lẽ chùa này nhìn ra hồ, quay lưng về phía đê sông Hồng. Cho nên nếu theo thuật phong thủy, chùa cần có gối thì là gối lên đê hay một cái gò nào ở phía đông. Còn Gò Rùa thì ở trước mặt chùa, chỉ có thể làm minh đường, làm án mà thôi. Nếu nói theo thuật phong thủy thì Gò Rùa hình tròn tức là hình con kim, như vậy chỉ có thể là kim tinh tác án (sao kim làm án) chứ không thể làm hậu chẩm được."
Chuyện Bá Kim lợi dụng xây tháp để chôn hài cốt tiền nhân ở mảnh đất "vạn đại công khanh" cũng không thấy sách nào nói đến. Giả sử đó là truyền thuyết dân gian chắc chắn sẽ có sách chép lại. Điểm đáng chú ý là Doãn Kế Thiện là nhà Nho đi làm cách mạng, mặt khác sách cụ viết sau khi miền Bắc đã hòa bình (năm 1954) nên cụ bảo Bá Kim là tay sai thực dân Pháp là điều dễ hiểu. Nhưng trong bài viết cũng có chi tiết thật, ví như năm 1884, Nguyễn Hữu Độ đang là Tổng đốc Hà Nội chứ không phải như sách Đại Nam thực lục mà ông Nguyễn Vinh Phúc trích: "Nguyễn Hữu Độ khi đó đang là Biện lý ở Bộ Lại của triều đình Huế." Năm 1885, Nguyễn Hữu Độ mới vào Huế làm Biện lý của Bộ Lại. Còn ý kiến của ông Nguyễn Vinh Phúc cho rằng những cái tên khác nhau nhưng chỉ là một người đó là Nguyễn Hữu Kim hay Bá Hộ Kim là dựa vào nhiều tài liệu. Nhưng ông Phúc có thêm tài liệu để tham khảo là gia phả của họ Nguyễn Hữu Liên. Tuy nhiên gia phả mới được lập từ năm 1982 là sự pha trộn giữa phả ký, phả hệ, phả đồ nhưng chỉ bắt đầu từ ông Nguyễn Hữu Liên. Nó sơ sài, nhiều điểm mờ, không có lời giải thích vì sao dòng họ gọi là Nguyễn Hữu Liên mà lại có "tên thật" là Nguyễn Hữu Kim nên việc chứng minh Ba Ho Kiem, Nguyen Huu Kiem, Vinh-Bao là Bá Hộ Kim, Nguyễn Hữu Kim... là chưa thuyết phục. Và cũng chưa đủ căn cứ để đưa ra kết luận Bá Hộ Kim, Nguyễn Hữu Kim chính Nguyễn Hữu Liên người làng Cựu Lâu.
Một câu hỏi cho đến nay không tìm được lời giải đáp là trước khi xây Tháp rùa, đình làng Cựu Lâu (thờ Nguyễn Kim – ông tổ của nghề khảm trai đất Thăng Long) nằm trong diện tích mười tám héc ta đất mà triều vua Tự Đức đã cấp cho Pháp theo hiệp định ký năm 1874. Và khi Pháp xây dựng khu nhượng địa Đồn Thủy, đình bị phá. Nếu ông Bá Hộ Kim giàu có là người làng Cựu Lâu, sao ông không bỏ tiền xây đình cho làng mà lại bỏ tiền xây Tháp Rùa? Thời điểm xây tháp, Hà Nội rất loạn, hầu hết người Việt buôn bán ở khu vực "36 phố phường" phải giấu tiền khi mặt trời bắt đầu lặn vì họ sợ cướp thì liệu Bá Hộ Kim có dám liều tính mạng khi khoe mình giàu có? Không chỉ các toán cướp của là người Việt mà cả quân Cờ Đen:
Cờ Đen cho chí Cờ Vàng
Làm cho trăm họ khóc than đứng ngồi
Đã cướp của lại đốt nhà
Vợ ta hiếp tróc, con ta tội đòi
Chạy nị bắn, ở thời nị trói
Cúi rạp đầu, lạy cối không tha
Mắm môi nị chửi nị la
Tay đao vùng vẫy thịt da không còn
Cứ cho Bá Hộ Kim bỏ tiền, tại sao ông không ghi tên mình ở Tháp Rùa để lưu danh như nhiều nhà hảo tâm khác vẫn làm? Hay ông ta chỉ là thầu khoán? Nói chung, còn rất nhiều câu hỏi không có câu trả lời, do vậy, thật khó mà biết một cách chắc chắn ai là người đã bỏ tiền xây Tháp Rùa. Nhưng có một điều rất chắc chắn là ông Bá Kim quan hệ rất tốt với chính quyền và thường xuyên đi lại với Puginier, giám mục địa phận Tây Bắc Kỳ một cha đạo có quan hệ thân thiết với tổng đốc Nguyễn Trọng Hợp nên cũng không loại trừ ông nhận thầu xây dựng tháp. Về năm xây, Claudius Madrolle tác giả cuốn Hà Nội và những vùng phụ cận (Hanoi et ses environs – London, 1912) cho rằng tháp xây vào năm 1878, tuy nhiên Claude Bourrin và G.Dumoutier lại cho xây năm 1877. Và theo công sứ Bonnal thì Tháp Rùa xây vào khoảng năm 1880. Vậy chỉ có thể nói Tháp Rùa được xây trong khoảng từ năm 1877 đến 1880.