Tháng mười một năm đó, nước Đại Nam đang được mong đợi đưa ra một lời phúc đáp… Tám tháng trước đó, một hải đội của nước Pháp đến thả neo ở Cửa [sông] Hàn, Tourane [vịnh Đà Nẵng], phía nam Kinh thành, để yêu sách triều đình Huế trả tự do cho hai nhà truyền giáo đồng thời đòi hỏi có sự bảo hộ các công dân Pháp. Ngày 15 tháng 4, do chỉ nhận được những phản hồi như nhằm kéo dài thời gian từ phía triều đình Huế, các tàu chiến của Pháp đã nã súng vào đồn lũy và tàu thuyền của Việt Nam. Hoàng đế và triều đình An Nam, như không lường hết được mức độ đe dọa thực sự, đã quyết định cấm đoán người có đạo và xem những nhà truyền giáo nước ngoài như là những thành phần do thám tay chân kẻ thù. Quyết định chưa ráo mực để ban hành thì vua [Thiệu Trị] băng hà.
Thời khắc mang tính sống còn [giữa các phe phái]: vào những năm cuối của triều vua Thiệu Trị, triều đình, các cơ quan chủ chốt và giới quan lại đã chia thành hai phe, mỗi phe lại ngầm chọn ra người có thể kế vị. Với Thượng thư Bộ Lễ, Nguyễn Đăng Tuân, và phe nhóm, thì phải là hoàng tử Hồng Bảo, con trưởng của hoàng đế; với Thượng thư Bộ Binh, Trương Đăng Quế, hoàng tử Hồng Nhậm, con thứ hai của hoàng đế và là con trưởng của hoàng hậu, mới là người xứng đáng kế vị. Cái chết của vị Thượng Thư Bộ Lễ làm suy yếu đi vị thế của Hồng Bảo, và đương nhiên củng cố thêm sự thành công của phe nhóm Thượng thư Bộ Binh, nhóm này đã tìm cách loại bỏ những quan lại cùng phe với Thượng thư Nguyễn Đăng Tuân. Nguyễn Đăng Giai, con trai Thượng thư Bộ Lễ, bị điều ra vùng Bắc bộ giữ chức vụ Tổng đốc Sơn Tây. Vua Thiệu Trị vừa băng hà, Trương Đăng Quế đã vội vàng đưa ngay hoàng tử Hồng Nhậm lên ngôi, trưng ra thật đúng lúc một bản di chúc theo đó phế truất việc lên ngôi của Hồng Bảo.
Đương nhiên, những nghi ngờ về tính xác thực của bản di chúc và bối cảnh lên ngôi của Hồng Nhậm đã để lại nhiều hệ lụy. Đầu tiên hết xuất hiện sự nghi ngờ tính chính danh của vị vua đăng quang. Tiếp đó là việc hình thành bên trong bộ máy triều đình cũng như giới quan lại một bè nhóm gọi là “phái Hồng Bảo”, tự xem là phái chính thống và rồi gây ra nhiều biến loạn những năm đầu tiên dưới triều vua Tự Đức. Năm 1851, Hồng Bảo tiếp xúc với người nước ngoài và lên kế hoạch đào thoát sang Singapour. Bị bắt trước cả khi đặt chân lên con tàu sẽ đưa đi theo như kế hoạch, Hồng Bảo bị quản thúc. Năm 1854, Hồng Bảo lại liên lạc với phe nhóm cũ trong giới quan lại, với một số nhà truyền giáo nước ngoài và người Việt có đạo. Hồng Bảo còn gửi phái viên riêng đến các nước như Siam [Thái Lan ngày nay] và Căm Bốt để cầu viện chống lại em mình là vua Tự Đức. Âm mưu bị phát giác, Hồng Bảo và những người cùng phe bị xử tử. Trong số những người thuộc phe Hồng Bảo còn phải kể đến một thành viên khác thuộc hoàng tộc, ông Tôn Thất Bật74, và ông Nguyễn Đăng Giai, con trai của vị Thượng thư Bộ Lễ triều vua trước. Niềm hy vọng của phái tự xem là chính thống lại dồn vào người con trai của Hồng Bảo là Đinh Đạo. Sau khi Hồng Bảo bị xử trảm, một bộ phận tầng lớp nho sĩ và dân chúng lên án vua Tự Đức giết hại anh em ruột thịt, một tội ác làm gia tăng nghi ngờ về tính chính danh của vương quyền tại vị.
74 Tôn Thất là họ dành cho những hậu duệ nam giới thuộc các nhánh [không là Đế hệ] của hoàng tộc nhà Nguyễn: nam dòng chính trực hệ sẽ mang họ là Nguyễn Phúc.
Việc Hồng Bảo yêu cầu hỗ trợ từ các nhà truyền giáo và người Việt có đạo dẫn đến hệ quả là vua Tự Đức và, hơn thế nữa, cả triều đình Huế xem tất cả những kẻ này như một nhóm cố kết chủ yếu về mặt chính trị, chống lại vương quyền và chính thể. Theo đó nổ ra một cuộc đàn áp dữ dội chống lại người Công giáo bản địa và các nhà truyền giáo: những vị này liền yêu cầu Hội Truyền giáo Paris cầu cứu với Hoàng đế Napoléon Đệ Tam để nước Pháp có thể can thiệp cứu giúp. Giám mục Pellerin, đại diện tông tòa tại Huế cùng với Hội Truyền giáo ở Paris đã vận động hiệu quả đến mức các thuyền chiến của Pháp đã quay trở lại bắn phá đồn lũy tại Tourane [Đà Nẵng] trong hai năm 1857, 1858, tiếp đó, đầu năm 1859, các đoàn quân đổ bộ vào khu vực Sài Gòn. Miền Nam nước Việt bị quân Pháp chiếm đóng, triều đình vua Tự Đức buộc phải ký hòa ước tại Sài Gòn ([hòa ước Nhâm Tuất] ngày 5 tháng 6 năm 1862) theo đó cho phép đạo Thiên Chúa tự do hành đạo trên toàn lãnh thổ [vương quyền An Nam], đồng thời trao cho nước Pháp ba tỉnh Biên Hòa, Gia Định và Định Tường, từ đó hình thành nên vùng đất thuộc địa “Hạ Cochinchine” (“Basse - Cochinchine” sic). Khủng hoảng chính trị [trong triều đình An Nam] kéo theo một cuộc khủng hoảng quốc gia.
Mặt khác, cũng vào thời gian đó, đất nước còn trải qua một chuỗi thiên tai dịch họa. Những năm 1849-1850, xảy ra một trận dịch tả làm 600.000 người chết; năm 1854, nạn châu chấu xâm hại mùa màng gây thiệt hại cho các vùng trồng lúa thuộc các tỉnh Bắc Ninh và Sơn Tây; năm 1856-1857, ở Bắc bộ, nạn đói làm hàng vạn người tử vong; các vụ vỡ đê ở Khoái Châu xóa trắng dân cư ở các xã Văn Giang và Tiên Lữ, vùng khoảng giữa Hà Nội và Hưng Yên. Điều cần biết trong “vũ trụ Hán hóa”, những thiên tai dịch họa lại được diễn giải như là những tín hiệu của Trời Đất về sự không thuận hòa giữa tôn ti thiên giới với trật tự chốn trần thế nơi mà bậc đế vương vâng theo mệnh trời mà cai trị. Nạn đói kém, châu chấu và lụt lội [được diễn giải] như là những dấu hiệu củng cố thêm ý tưởng có sự đổ vỡ về “Mệnh Trời” do sự tiếm ngôi của một vị vua không chính danh. Nhưng, vượt lên trên ý nghĩa biểu trưng [“trời xui-đất khiến”] như vậy, những tai ương dịch họa đã gây ra lắm thiệt hại điêu linh, xóa trắng dân cư nhiều vùng lãnh thổ, dẫn đến bất an nổi loạn: trong khoảng từ năm 1848 đến năm 1862, đã có không dưới bốn mươi cuộc nổi dậy bạo loạn. Nếu một số là do nông dân bất bình nổi loạn, thì một số khác đã thực sự là những cuộc nổi dậy binh biến có vũ trang, như cuộc nổi dậy của Tạ Văn Phụng [1861-1865] đã kiểm soát hết vùng phía đông của Bắc bộ vào năm 1862; hay như “giặc châu chấu” do Lê Duy Cự, một cựu thần của triều Lê, chỉ huy, với sự tham gia của nhà thơ Cao Bá Quát, là hệ quả của việc thiệt hại mùa màng ở các tỉnh Bắc Ninh và Sơn Tây. Tình trạng cướp bóc tràn lan trên biển cũng như trên bộ, do cả từ băng nhóm người Trung Quốc và băng đảng người An Nam, lại càng gây ra những trở ngại lớn cho nông nghiệp và vận chuyển hàng hóa. Cuối cùng là những vụ càn quét cướp phá ở các vùng duyên hải: năm 1855, cảng biển và làng mạc ở Quảng Yên bị cướp biển người Hoa đến từ các tỉnh Quảng Đông, Phúc Kiến, cướp bóc tàn phá; vùng bờ biển của Hà Tiên và An Giang rất nhiều lần bị đánh cướp bởi cướp biển người Mã Lai và Khmer. Chính quyền An Nam bất lực trong việc đảm bảo an ninh cho dân cư. Đói kém và tình trạng mất an ninh đã đến mức mà hoàng đế An Nam, vào năm 1867, đã buộc phải công khai bày tỏ sự ăn năn hối lỗi trước quan lại quần thần và tự nhận bản thân là căn nguyên của những tai ương ập xuống đất nước75.
75 Charles Gosselin, L’Empire d’Annam, Paris, Perrin, 1904, p. 545-549.
Các điều ước [nhượng quyền] về lãnh thổ trong hòa ước ký tại Sài Gòn nghiêm trọng đến mức triều đình đã cố gắng giữ trong vòng bí mật chừng nào có thể. Nhưng rồi những tin này cũng bị rò rỉ, đến tai dân chúng, vào thời điểm tổ chức các kỳ thi tuyển chọn quan chức vào năm 1864: tức thì nổ ra phản ứng dữ dội từ phía các sĩ tử và sĩ phu tại Huế và Nam Định. Cao trào phản ứng lan ra cả nước, nhiều người đòi hỏi phải diệt trừ dân có đạo và người Âu, và trừng trị những quan lại đã tham gia đàm phán [với người Pháp]. Sự bất tài của quan lại trước cảnh khốn cùng của người dân cộng với sự đầu hàng của triều đình trước nước Pháp đã kích hoạt nhiều phản ứng đến mức mà một người họ hàng với vua, hoàng thân Hồng Tập, đã nghĩ rằng nay là thời cơ cho một cuộc lật đổ [để giành ngai vàng]: những người cùng âm mưu quyết định loại bỏ những vị quan thuận lòng giải quyết chuyện giảng hòa [với phía Pháp và] với chuyện người Thiên Chúa giáo, dự trù cả khả năng soán ngôi thay vua nếu vua [Tự Đức] không ngả theo phe nổi dậy. Trong đêm ngày 3 tháng 8 năm 1864, các nhóm phiến loạn ra tay hành động nhưng thất bại trong nỗ lực xâm nhập vào Hoàng thành, nơi lực lượng ngự lâm kháng cự quyết liệt. Lực lượng nổi dậy đương nhiên bị trấn áp và rồi triều đình nhân đó loại trừ luôn những người thân thích của hoàng tử Hồng Bảo, đặc biệt là Đinh Đạo, người mà phe chống lại sự hòa hoãn với Pháp và giới có đạo, xem như có khả năng thay thế vua Tự Đức. Đinh Đạo bị quản thúc sau biến loạn. Phiến loạn theo đó là sự trấn áp đã dẫn đến sự khủng hoảng niềm tin giữa một bộ phận lớn quan lại với nhà vua: một vị vua không chính danh, ra tay giết người ruột thịt, không những đã đồng lõa với người có đạo mà nay còn ra tay trừng trị những vị quan yêu nước.
Thế nhưng mặc dù những khủng hoảng liên tiếp như vậy, vương quyền vẫn được giữ vững, không do nhân cách của vị vua mà chính nhờ vào sự hỗ trợ của người tổng chỉ huy quân đội triều Nguyễn, đại thần Nguyễn Tri Phương, vào tài ứng biến của Thượng thư Bộ Hộ (1862-1868), ông Trần Tiễn Thành, và nhất là với những tài năng vượt trội của vương thần Trương Đăng Quế, người đã đưa Hồng Nhậm lên ngôi trở thành “Tự Đức”. Trương Đăng Quế qua đời vào đầu năm 1865, phái Hồng Bảo và những người kháng cự tận dụng cơ hội này muốn âm mưu lật đổ để đưa Đinh Đạo lên ngôi. Âm mưu được sự ủng hộ của một số nhân vật có vai vế lớn trong hoàng tộc, nhất là giới chỉ huy ngự lâm quân. Bốn giờ sáng ngày 16 tháng 8 năm 1866, gần một ngàn người phe nổi dậy có trang bị khí giới đã đột nhập thành công vào hoàng cung nhằm đưa Đinh Đạo lên ngôi. Tuy nhiên, cuộc kháng cự quyết liệt của những đội quân vẫn còn trung thành với vua Tự Đức đã làm cuộc đảo chánh thất bại. Lần này thì toàn bộ gia quyến của Hồng Bảo bị xử trảm, điều này lại càng củng cố thêm những lên án tội giết hại người ruột thịt và nhấn sâu hơn nữa sự nghi kỵ của giới sĩ phu đối với vua đương vị, người đồng thời bị xem như đã giết hại những hoàng thân quốc thích hay quan lại muốn chống lại kẻ xâm lăng.