Sau khi chiếm được kinh thành Huế, tướng De Courcy đối diện với 76.212 nén bạc loại 10 lạng, tương đương khoảng 30 tấn kim loại, với hơn 10.000 nén vàng và 4000 đồng tiền và đồng tiền thưởng bằng vàng, tương đương gần khoảng 3 tấn vàng. Trước mắt, De Courcy phải đảm bảo là toàn bộ khối của cải này được bảo vệ toàn vẹn. Trong khi đó tình thế lại rất khó khăn, vì lẽ, theo như Chaillet, thư ký đặc biệt của [Thống sứ An Nam và Bắc Kỳ] Paul Bert, đã viết trong tờ Revue bleue ngày 15 tháng giêng năm 1887, “những biến cố vào tháng 7 [1885 tại Huế] chẳng hề có một điểm sai nào ngoài việc đã nổ ra quá sớm”. Tướng De Courcy không những đã bị bất ngờ trước việc vua Hàm Nghi và Tôn Thất Thuyết trốn chạy mà còn thực sự chẳng biết xoay xở như thế nào trước việc quy hàng của Nguyễn Văn Tường, một nhân cách làm tướng De Courcy vừa bị cuốn hút lại vừa cảm thấy lo lắng. Được biết rõ như là một nhân vật không có khiếu về mặt chính trị, Philippe-Marie André Roussel de Courcy [tên đầy đủ theo khai sinh] trông cậy vào viên chức phụ trách thường vụ Louis-Eugène Palasne de Champeaux, có lẽ do sự “thông-đồng thông cảm” (connivence sic) giữa hai nhà quý tộc với nhau hơn là sự tin tưởng qua lại thực sự. Rồi người ta chứng kiến cặp đôi này lao vào những ý tưởng sáng kiến không hề thuận lý: cho mời các thân cận của Thuyết hợp tác rồi lại đưa ra quyết định tuyên bố quan Phụ chánh [Thuyết] là thành phần phản loạn; cho công bố một sắc lệnh giải tán lực lượng quân sự Việt Nam, vốn phía Pháp chẳng hề kiểm soát, mà phần lớn đã tan rã; quay lại sử dụng ông Nguyễn Văn Tường nhưng lại quản thúc giám sát ông với một đội lính canh Pháp; và rồi khi “sa thải” quân đội Việt Nam, phía Pháp lại tước đi của ông Tường mọi phương tiện hành động [có thể có lợi cho phía Pháp]. Vào giữa tháng 7 (1885), các thành viên của triều đình Huế, từng cá nhân hay theo từng nhóm, bắt đầu từ Quảng Trị trở về kinh. Nhưng việc đưa các hoàng thân, hoàng hậu và công chúa trở về lại kinh thành đặt ra một số vấn đề, vì dinh cơ dinh thự của họ đã bị cướp phá hay đốt cháy, một số nơi khác sau ngày kinh thành thất thủ đã được tướng De Courcy tịch thu và cho sĩ quan quân lính vào đóng giữ. Do đó, Hoàng Thái hậu Từ Dũ và Hoàng hậu Trang Ý, trở về kinh ngày 16 tháng 7, đã phải tạm thời về trú ngụ tại dinh Vạn Niên ở lăng Tự Đức, phía nam kinh thành Huế.
Hoàng tộc nhóm họp ở Tòa Khâm sứ Pháp và được đề nghị thành lập một hội đồng phụ chính tạm thời dưới sự lãnh đạo, do theo tuổi tác, của hoàng thân Thọ Xuân [Nguyễn Phúc Miên Định, con trai thứ ba của vua Minh Mạng (1810-1886)]. Hội đồng phụ chánh mới thành lập có vai trò như một nội các điều hành đất nước, nhưng nắm giữ Bộ Binh lại trong tay của Palasne de Champeaux! Tiếp đó lại cho thành lập một Cơ Mật viện mới với những vị Thượng thư đã không công khai tỏ thái độ đối kháng lại người Pháp, đồng thời có sự tham gia của vài quan chức cao cấp ủng hộ chế độ bảo hộ: chủ trì hội đồng phụ chính, về mặt lý thuyết, giao cho [Phụ chánh đại thần] Nguyễn Văn Tường. Nhưng, ngay từ giữa tháng 7, phong trào Cần Vương đã lan rộng đến không ngờ, nhất là ở vùng miền Trung, từ Hà Tĩnh, phía bắc, cho đến sát ranh giới với vùng Nam Kỳ, và ở ngay cả những vùng lân cận của kinh thành Huế: thân hào nhân sĩ tổ chức các cuộc tấn công chống lại tất cả những ai được xem là thân Pháp, đặc biệt các nhà truyền đạo và người Công giáo bản địa. Nạn nhân thương vong lên đến hàng ngàn. Một bản tuyên bố, do De Courcy thảo ra, được hội đồng phụ chính công bố, yêu cầu “tất cả quan lại tại An Nam và Bắc Kỳ phải khôi phục lại sự bình yên, xử nghiêm đám cướp phá và phiến loạn, và giúp đỡ quân đội Pháp bằng mọi cách”, nhưng do quân đội Việt Nam trước đó đã có lệnh giải tán, người ta phải nêu ra câu hỏi là quan chức quan lại sẽ khôi phục an ninh trật tự với lực lượng nào trong tay. Trong tình thế một khoảng trống quyền lực chính trị, các cuộc nổi loạn ở các tỉnh cộng với những khó khăn chồng chất ở kinh thành Huế, tướng De Courcy đề nghị đơn giản chỉ việc bỏ rơi vùng Bắc Kỳ và tập trung lực lượng có được tại vùng An Nam, theo ông, sẽ là một thuộc địa có thể tồn tại được và nhất là có thể thu lợi. Nhưng trước tình trạng lộn xộn kéo dài, sự rối rắm cũng như tầm vóc của nhiệm vụ, De Courcy chỉ còn duy nhất một giải pháp: nhờ sự ra tay của Jules Sylvestre. Và không nói quá khi cho rằng De Courcy đã phải vạn bất đắc dĩ nhờ đến viên giám đốc phụ trách các vụ việc Dân sự và Chính trị Sylvestre. Vì không muốn thấy toàn bộ đội ngũ nhân sự của Jules Sylvestre đổ bộ vào các văn phòng vụ viện của Tòa Khâm sứ cũng như nội các tại kinh thành Huế, tướng De Courcy ấn định trước số chuyên gia Hà Nội sẽ vào Huế.