Giáo đoàn Phật giáo ở đời Thanh, vào khoảng thời vua Khang Hy, vua sắc dựng Đại tự miếu 6073 ngôi (tức là vừa chùa vừa miếu), tiểu tự miếu có 58.682 ngôi. Tăng lữ có 110.292 người, đạo sĩ có 21.286 người, Ni chúng có 8.615 người, Tăng Ni và đạo sĩ gồm có 140.193 người, chùa và miếu 79.622 ngôi. Chùa và miếu thống kê lẫn với nhau nên không biết được rõ ràng, nhưng theo tỷ lệ nhân số thì ít nhất cũng có tới 6 vạn ngôi chùa trở lên.
Ở triều nhà Thanh, chùa viện đã nhiều, Tăng Ni đông, mà Phật giáo lại suy vi, đó là vì nguyên nhân thoái hóa của giáo đoàn. Những người đi xuất gia đương thời, người chân thành xuất gia phát tâm cầu đạo thì ít, mà người vì tai nạn đau khổ buồn phiền vì hoàn cảnh bất an, trốn lánh vào cửa chùa lại nhiều, nên Tăng Ni phần nhiều chỉ là an phận thủ thường nương cửa từ bi cho qua ngày đoạn tháng, kém phần học thức, không lấy việc hoằng dương Phật pháp làm sự nghiệp, nên Phật giáo dĩ nhiên suy vi.
Cũng vì những lý do đó nên triều đình thường có lệnh hạn chế người xuất gia để chấn chỉnh lại giáo đoàn. Như năm Thuận Trị thứ 3 (1646) đời vua Thế Tổ hạ lệnh cấm Tăng Ni, đạo sĩ không được ở lẫn với người tục, và cấm ngặt không được quyên giáo tiền bạc ở giữa chợ, phố. Năm đầu niên hiệu Càn Long (1736) triều đình hạ lệnh quy định tuổi cho người xuất gia, nghĩa là nam giới nếu là cô nhi, và chưa đầy 16 tuổi; nữ giới nếu chưa đủ 40 tuổi, đều cấm không cho xuất gia, Tăng lữ muốn nuôi đệ tử, phải 40 tuổi trở lên mới được độ một người đệ tử xuất gia.
Còn về hệ thống quản lý giáo đoàn cũng giống như đời Minh, ở trung ương có chức ty Tăng Lục, ở địa phương có chức Tăng Chính v.v., nhưng đó chỉ là hình thức, chứ không có thế lực, uy quyền như các triều đại trước.