Với tư duy sắc sảo và cái nhìn nhạy bén về nhiều lĩnh vực, đồng chí Lê Đức Thọ đã có nhiều đóng góp to lớn đối với hai cuộc kháng chiến của dân tộc và đối với quá trình xây dựng, chiến đấu và trưởng thành của công tác Quốc phòng – An ninh Việt Nam.
Trên cương vị Phó Bí thư Xứ ủy kiêm Chính ủy Bộ Tư lệnh Phân liên khu miền Tây, đồng chí Lê Đức Thọ đã sát cánh với Bí thư Xứ ủy Lê Duẩn và các đồng chí trong Xứ ủy (từ năm 1949 đến 1954) lãnh đạo, chỉ đạo xây dựng lực lượng vũ trang và phát triển cuộc kháng chiến chống Pháp của quân và dân Nam Bộ. Trong những năm tháng ấy, đồng chí đã đưa ra nhiều quyết sách quan trọng thúc đẩy cuộc kháng chiến phát triển. Những ý kiến phát biểu chỉ đạo của đồng chí Lê Đức Thọ trong các cuộc hội nghị của Xứ ủy Nam Bộ, Bộ Tư lệnh quân khu, phân liên khu, … cũng như các bài báo của đồng chí thời kỳ này đã góp phần quan trọng vào việc cụ thể hóa và vận dụng sáng tạo quan điểm, đường lối quân sự của Đảng vào điều kiện, hoàn cảnh thực tế của chiến trường, qua đó kịp thời chỉ đạo cuộc kháng chiến của đồng bào, chiến sĩ Nam Bộ vượt qua khó khăn, phát triển mạnh mẽ.
Hơn 6 năm lăn lộn trên chiến trường Nam Bộ trong kháng chiến chống Pháp, đồng chí Lê Đức Thọ còn trực tiếp giảng bài tại các lớp học lý luận, các lớp “rèn cán, chỉnh quân”. Những bài giảng, báo cáo của dồng chí thể hiện rõ nhãn quan chính trị sắc bén và tinh thần chiến đấu cao. Đồng chí đã tổng kết thực tiễn, nâng thành những vấn đề có tính lý luận quân sự, định hướng chỉ đạo xây dựng lực lượng vũ trang và phương thức phát triển cuộc chiến tranh nhân dân ở Nam Bộ.
Có thể nói, trong lĩnh vực đấu tranh vũ trang, tư duy quân sự sắc bén của đồng chí Lê Đức Thọ đã góp phần quan trọng vào việc tăng cường thực lực kháng chiến, củng cố thế trận chiến tranh nhân dân, đẩy mạnh đấu tranh quân sự, chính trị, binh, địch vận, tạo ra và nhân lên sức mạnh đánh thắng địch trên chiến trường Nam Bộ trong kháng chiến chống Pháp.
Trong những năm kháng chiến chống Mỹ, đồng chí đã có những đóng góp quan trọng trong việc lãnh đạo, chỉ đạo, điều hành cuộc kháng chiến, cùng với đó là xây dựng và tăng cường sức chiến đấu của lực lượng vũ trang nhân dân. Đồng chí đã cùng Bộ Chính trị và Quân ủy Trung ương đề ra nhiều quyết sách quan trọng thúc đẩy cuộc kháng chiến đi tới thắng lợi. Thậm chí còn trực tiếp có mặt tại Sở chỉ huy cơ bản của chiến dịch và giải quyết những vấn đề chung của chiến trường. Cùng với các đồng chí trong Bộ Tư lệnh chiến dịch, đồng chí Lê Đức Thọ đã chỉ đạo, xử lý nhiều tình huống phức tạp, đưa chiến dịch lịch sử Hồ Chí Minh đến toàn thắng.
Sau thắng lợi của cuộc kháng chiến chống Mỹ, cứu nước, đồng chí Lê Đức Thọ đã cùng tập thể Bộ Chính trị, Quân ủy Trung ương đề ra những chủ trương xây dựng Quân đội nhân dân Việt Nam trong tình hình mới. Đồng chí đã đề xuất nhiều chủ trương đúng đắn về quân sự, quốc phòng, xây dựng và bảo vệ Tổ quốc, xây dựng quân đội nhân dân vững mạnh về mọi mặt theo hướng cách mạng, chính quy, tinh nhuệ, từng bước hiện đại. Đồng chí đã cùng với tập thể Bộ Chính trị, Quân ủy Trung ương chỉ đạo Bộ Quốc phòng tổ chức biên chế lại lực lượng phù hợp với tình hình mới, tăng cường và tổ chức bố trí lực lượng phòng thủ trên các hướng, các địa bàn chiến lược quan trọng ở vùng biển đảo, vùng biên giới đất liền và các trung tâm chính trị, kinh tế, văn hóa; tiến hành cuộc chiến tranh bảo vệ Tổ quốc; thực hiện nhiệm vụ quốc tế giúp nhân dân Campuchia thoát khỏi họa diệt chủng, …
Đồng chí Lê Đức Thọ không những đã dành tâm huyết cho việc xây dựng quân đội vững mạnh về chính trị, tư tưởng và tổ chức đáp ứng yêu cầu nhiệm vụ cách mạng, mà còn luôn dành cho cán bộ, chiến sĩ quân đội sự quan tâm với tất cả niềm tin yêu, quý mến đặc biệt. Những năm tháng chiến tranh, đồng chí luôn dành sự quan tâm sâu sắc tới cải thiện đời sống, sinh hoạt và bảo đảm sức khỏe của bộ đội, coi đó là nhân tố quan trọng tăng cường sức mạnh và hiệu suất chiến đấu của bộ đội ta trên chiến trường.
Đối với lực lượng Công an nhân dân, đồng chí đặc biệt quan tâm tới công tác xây dựng Đảng trong Công an nhân dân trong sạch, vững mạnh và xác định đây là một trong những nhân tố quyết định hoàn thành nhiệm vụ chính trị của lực lượng Công an nhân dân. Trong thời kỳ chống Pháp, với tư duy nghiệp vụ sắc sảo, sâu sát thực tiễn, đồng chí đã tham gia chỉ đạo lực lượng Công an Nam Bộ làm tốt công tác nắm tình hình, tham mưu cho Xứ ủy trong công tác phòng, chống các loại gián điệp, phản động. Đồng chí đã cùng với lãnh đạo Xứ ủy chỉ đạo Công an Nam Bộ làm tốt công tác diệt tề gian ác, bảo vệ tốt các chiến dịch, bảo vệ an toàn các cơ quan đầu não, căn cứ địa kháng chiến, đồng thời tập trung chấn chỉnh bộ máy, xây dựng tổ chức, sắp xếp cán bộ, làm cho nội bộ công an trong sạch. Trong thời kỳ chống Mỹ, đồng chí vẫn gắn bó với lực lượng công an, chỉ đạo xây dựng, kiện toàn tổ chức, đáp ứng yêu cầu bảo vệ an ninh chính trị và trật tư, an toàn xã hội trong điều kiện miền Bắc xây dựng chủ nghĩa xã hội và thực hiện chi viện cho chiến trường miền Nam.
Sau ngày miền Nam giải phóng, được giao trọng trách là Phó Ban đại diện Đảng và Chính phủ ở miền Nam Việt Nam, đồng chí Lê Đức Thọ đã có những chỉ đạo sáng suốt để ổn định tình hình, giữ vững an ninh chính trị, trật tự, an toàn xã hội lúc bấy giờ. Những năm đầu thập kỷ 80, tình hình kinh tế - xã hội của đất nước gặp nhiều khó khăn, đồng chí Lê Đức Thọ đặc biệt quan tâm đến công tác bảo vệ nội bộ, bảo vệ an ninh chính trị và trật tự, an toàn xã hội. Với tác phông sâu sát, am hiểu nghiệp vụ công an, đồng chí đã cùng Bộ Chính trị có những chỉ đạo ở tầm chiến lược về công tác bảo vệ an ninh quốc gia, góp phần bảo vệ Đảng, bảo vệ chế độ xã hội chủ nghĩa, đưa đất nước vượt qua giai đoạn cực kỳ khó khăn trước khi bước vào thời kỳ tiến hành công cuộc đổi mới.
Đồng chí Lê Đức Thọ với vai trò là một nhà lãnh đạo cao cấp của Đảng đã có nhiều đóng góp quan trọng cho sự nghiệp cách mạng và kháng chiến của dân tộc, để lại nhiều dấu ấn trong sự nghiệp xây dựng Quân độ nhân dân Việt Nam và lực lượng Công an nhân dân, một người luôn dành tình yêu thương, sự quan tâm sâu sắc tới cán bộ, chiến sĩ quân đội.