1. Trong thời kỳ đấu tranh thi hành Hiệp định Geneva, khôi phục kinh tế, cải tạo xã hội chủ nghĩa ở miền Bắc, giữ gìn lực lượng và xây dựng phong trào cách mạng miền Nam (1954 - 1960)
Sau khi ký hiệp định Geneve, cách mạng Việt Nam có hai nhiệm vụ quan trọng, đó là miền Nam tiếp tục đấu tranh thống nhất đất nước, miền Bắc đi lên xây dựng chủ nghĩa xã hội. Tuy nhiên ở miền Nam, Mỹ bắt đầu xuất hiện để tiến hành chiến tranh và đàn áp phong trào giải phóng dân tộc.
Đại tướng Võ Nguyên Giáp khi ấy giữ chức Phó Thủ tướng Chính phủ kiêm Bộ trưởng Bộ Quốc phòng - Tổng Tư lệnh Quân đội nhân dân Việt Nam, cùng với Bộ Chính trị hoạch định những quyết sách chiến lược. Ông đề nghị việc xây dựng và củng cố nền quốc phòng toàn dân, để làm hậu phương cho tiền tuyến, xây dựng quân đội nhân dân tiến lên chính quy và hiện đại để sẵn sàng đối phó trong mọi tình huống. Trong mọi cuộc họp với Bộ Chính trị, Đại tướng Võ Nguyên Giáp luôn nhấn mạnh việc tăng cường sự lãnh đạo tuyệt đối của Đảng đối với quân đội vì đây chính là cốt lõi để tăng cường và giữ vững bản chất cách mạng của quân đội.
Đảng phát hiện và kiên quyết khắc phục những sai lầm trong cách mạng ruộng đất. Năm 1956, đồng chí Đại tướng Võ Nguyên Giáp cùng với đồng chí Hoàng Tùng – Tổng biên tập báo Nhân Dân chủ trì hội nghị về sửa sai trong cải cách ruộng đất và chỉnh đốn tổ chức. Tháng 10-1956, trong Hội nghị Trung ương Đảng, Đại tướng Võ Nguyên Giáp nêu nội dung cơ bản là giải phóng miền Nam không có lựa chọn nào khác ngoài chiến tranh cách mạng, giương cao ngọn cờ yêu nước.
Tuy rằng Chính phủ và nhân dân Việt Nam đã nghiêm chỉnh chấp hành Hiệp địn Geneve nhằm đến mục tiêu hòa bình, thống nhất nhưng Mỹ - Diệm vẫn sử dụng các biện pháp chống phá sự nghiệp giải phóng. Chiến dịch tố Cộng, diệt Cộng của chính quyền Ngô Đình Diệm diễn ra ồ ạt, ác liệt nhất là những năm 1956-1957, cách mạng Việt Nam rơi vào khoảng thời gian vô cùng khó khăn.
Trước tình hình đó, Đại tướng Võ Nguyên Giáp đã có nhiều hoạt động yêu cầu đối phương thi hành Hiệp định, đưa ra các ý kiến chỉ đạo đấu tranh giữ gìn lực lượng, xây dựng phong trào cách mạng miền Nam. Ông gửi điện cho Ủy ban Quốc tế phản đối Luật 10/59, lập luận sắc bén của ông vừa có ý nghĩa chính trị, vừa mang tính pháp lý cao và nhận được sự đồng tình, ủng hộ của cả trong nước và quốc tế. Năm 1960, phong trào Đồng khởi diễn ra thắng lợi, phong trào cách mạng miền Nam chuyển từ thế giữ gìn lực lượng sang thế tiến công.
Là người sát sao chỉ đạo vĩ mô, nhưng Đại tướng Võ Nguyên Giáp vẫn luôn bố trí thời gian đến tận hiện trường đang chiến đấu, thi công mở đường mòn Hồ Chí Minh, hay đường vận tải biển, không ngừng động viên khích lệ cán bộ, chiến sĩ.
2. Trong thời kỳ xây dựng chủ nghĩa xã hội, thực hiện kế hoạch 5 năm lần thứ nhất ở miền Bắc, chống chiến lược “Chiến tranh đặc biệt” của đế quốc Mỹ và tay sai ở miền Nam (1961 - 1965)
Bên cạnh nhiệm vụ chính là Tổng tư lệnh, tổng chỉ huy đường lối, nghệ thuật tác chiến của quân sự Việt Nam, Đại tướng Võ Nguyên Giáp còn là người góp phần đặt nền móng xây dựng và phát triển khoa học – kỹ thuật. Năm 1961, ông chỉ đạo thành lập Hội phổ biến khoa học – kỹ thuật. Quân sự Việt Nam từ đó được củng cố vững vàng hơn với 3 binh chủng: Rada, pháo cao xạ và không quân. Đây chính là bước đệm để quân dân ta tự tin bước vào cuộc chiến chống lại chiến tranh phá hoại bằng đường không của Mỹ.
Năm 1962, Đại tướng Võ Nguyên Giáp gửi rất nhiều thư và điện tín cho Ủy ban Quốc tế kịch liệt phản đối chiến tranh của Mỹ ở Việt Nam, mặt khác, ông cũng chỉ đạo các lực lượng phòng không toàn miền Bắc triển khai các biện pháp sẵn sàng đáp trả máy bay của địch. Trong tất cả mọi cuộc họp, hội nghị, đến các bức điện gửi xuống các địa phương, ông đều nhấn mạnh với quân và dân về âm mưu của địch và đề cao tinh thần cảnh giác, sẵn sàng tư thế chiến đấu.
Tại chiến trường miền Nam, quân dân ta phản công và giành được thế chủ động, đẩy mạnh chiến tranh ở cả hai mặt quân sự và chính trị, giáng cho quân đội Mỹ những đòn nặng nề, mở rộng được các vùng giải phóng, vùng làm chủ. Chiến tranh nhân dân phát triển rộng khắp, cách mạng miền Nam ngày càng phát triển mạnh mẽ và trưởng thành.
Chiến thắng Ấp Bắc năm 1963 đã đánh dấu một bước tiến mới của cách mạng miền Nam. Mỹ cay cú, chuyển sang phá hoại sự nghiệp xây dựng chủ nghĩa xã hội ở miền Bắc, âm mưu mở rộng chiến tranh. Ngày 4-8-1964, Mỹ quyết định thực hiện “sự kiện Vịnh Bắc Bộ”. Ngay trận đầu tiên ngày 5-8-1964, hàng loạt máy bay bị bắn rơi, giặc lái bị tiêu diệt chính là thắng lợi to lớn cả về chính trị lẫn quân sự của ta. Từ đây quân và dân ta có thể tự tin đối mặt những trận đánh khác, chống sự leo thang chiến tranh của Mỹ.