Tên gọi khoa văn, phân khoa, khoa đoạn đều là danh từ khác lời nhưng cùng nghĩa. Khoa văn là một phương pháp nghiên cứu về bản văn của Phật điển. Cách phân khoa Kinh Pháp Hoa, mỗi nhà một thuyết, rộng, lược khác nhau, nhưng nay chỉ nương vào cách chia khoa văn của Thiên Thai Đại sư, để người mới học hiểu biết được dễ dàng. Người học, nếu hiểu rõ được khoa văn tổng quát của một kinh, liền thể đắc được yếu chỉ của kinh đó.
Theo biểu đồ Tổng khoa Kinh Pháp Hoa, kinh này gồm có 28 phẩm là những tác phẩm văn học. Nhìn vào biểu đồ, ta có thể biết được nội dung rất dễ dàng. Nếu ký ức ghi nhớ được đại thể của kinh, thông hiểu được phần liên hệ giữa các phẩm, nó giúp ích cho ta lý giải được rõ ràng khi đọc tới văn kinh. Trước hết, trong 28 phẩm của kinh, bộ phận chủ yếu là phần chính tông, bộ phận phụ là tự phần và lưu thông. Theo như biểu đồ, có hai thứ ba phần: Tự phần, chính tông và lưu thông. Trước hết, phẩm Tựa là tự phần, 15 phẩm rưỡi ở trung gian là phần chính tông, bộ phận chủ yếu của kinh này và 11 phẩm rưỡi ở sau là phần lưu thông. Thứ nữa, trong phần chính tông thuộc 15 phẩm rưỡi kể từ phẩm Pháp sư trở xuống, đến phẩm An lạc hạnh, trừ năm phẩm này thuộc phần lưu thông của tích môn, ở phần giữa; còn tám phẩm ở phần trước, một phẩm và hai nửa phẩm ở phần sau (một phẩm Như Lai thọ lượng, nửa phần cuối phẩm Dũng xuất, nửa phần đầu phẩm Phân biệt công đức) thì phần trước thuộc phần chính tông của tích môn, phần sau thuộc phần chính tông của bản môn. Hai môn này tựa như cặp mắt của một bộ kinh. Trong tám phẩm thuộc phần chính tông của tích môn, có hai đoạn, là lược khai ba hiển một và rộng khai ba hiển một. Đoạn nói lược là văn “Thập như thật tướng”, đoạn nói rộng là “Tam chu thuyết pháp”. Tam chu là: Pháp thuyết chu, Thí thuyết chu và Nhân duyên chu. Trước hết, Phật vì hàng thượng căn mà nói thẳng giáo pháp gọi là Pháp thuyết chu; thứ nữa vì hàng trung căn mà nói giáo pháp phải nhờ thí dụ, gọi là Thí thuyết chu; thí dụ vẫn chưa hiểu, lại vì hàng hạ căn mà nói giáo pháp phải nhờ những nhân duyên xa xưa, gọi là Nhân duyên chu. Do đó đại chúng trong một pháp hội chứng nhập được diệu đế của chư pháp thật tướng, nên gọi là “Tam chu thuyết pháp”. Mỗi chu thuyết pháp đều có bốn đoạn: Chính thuyết, lĩnh giải, thuật thành và thọ ký. Chính thuyết là Đức Phật trực thuyết; lĩnh giải là cáo bạch của người nghe vào được đạo; thuật thành là lời chứng nhận của Phật đối với phần lĩnh giải; thọ ký là lời dự đoán của Phật liên quan tới phần kết quả.
Thứ nữa, trong một phẩm và hai nửa phẩm phần chính tông thuộc bản môn, cũng có hai đoạn là nói lược và nói rộng. Đoạn nói lược, tức lược mở gần hiển xa; nói rộng tức rộng mở gần hiển xa. Đoạn nói lược ở phần sau phẩm Tòng địa dũng xuất; đoạn nói rộng ở trong phẩm Như Lai thọ lượng. Ở chương này mục đích chính là phá chấp gần nơi Dà Da để khai hiển chân Phật nơi cửu viễn cổ thành.