Nguy cơ của thủ thuật này cao hơn so với triệt đốt các cơn nhịp nhanh trên thất, với tỷ lệ gặp biến chứng nặng trong thủ thuật là khoảng 3%.
- Chảy máu: Chảy máu vùng chọc mạch, liên quan đến heparin/các thuốc chống đông.
- Đột quỵ não/Đột quỵ não thoáng qua (1%): Nguy cơ biến cố này tỷ lệ thuận với số lượng đường đốt được thực hiện.
- Chèn ép tim cấp (2%): là một biến chứng nặng và thường do ống thông đốt gây thủng cơ tim. Nếu chỉ có ít dịch màng ngoài tim thì có thể chỉ theo dõi mà không cần điều trị gì thêm, tuy nhiên nếu có biển hiện ép tim cấp thì cần phải trung hòa chống đông và chọc dịch màng ngoài tim cấp cứu. Siêu âm tim là cần thiết nếu bệnh nhân xuất hiện tụt huyết áp ở bất kỳ thời điểm nào trong và sau thủ thuật.
- Hẹp tĩnh mạch phổi: Hiện nay ít gặp vì thường tiến hành triệt đốt tại các vị trí trong buồng nhĩ, ít khi triệt đốt sâu trong các tĩnh mạch phổi. Hẹp tĩnh mạch phổi gây triệu chứng chỉ xuất hiện khi có ≥ 1 tĩnh mạch phổi bị hẹp đáng kể (> 75%) hoặc tắc hoàn toàn. Các triệu chứng thường tiến triển từ từ theo thời gian bao gồm: khó thở, mệt mỏi, ho ra máu và viêm phổi tái phát. Chụp cắt lớp vi tính có thuốc cản quang, cộng hưởng từ hoặc chụp đánh giá thông khí/tưới máu phổi (V/Q scan) là các xét nghiệm có thể làm để tìm nguyên nhân. Ngoài ra cũng có thể chụp tĩnh mạch phổi dưới màn tăng sáng để xác định chẩn đoán.
- Rò tâm nhĩ - thực quản: Hiếm gặp nhưng tỷ lệ tử vong cao. Thường gặp khi triệt đốt ở vị trí thành sau nhĩ trái, vì vậy ở vị trí này nên hạ thấp năng lượng và triệt đốt với thời gian ngắn hơn.
- Liệt dây thần kinh hoành: Thường là liệt dây hoành phải do đường đi giải phẫu của dây này đi ngang qua thành bên của nhĩ phải cũng như tĩnh mạch phổi phải. Liệt dây thần kinh hoành phải thường hồi phục trong vòng vài tháng, tổn thương vĩnh viễn hiếm gặp.
- Cơn nhịp nhanh nhĩ: Gặp ở khoảng 10 - 40% bệnh nhân trong vòng ba tháng sau thủ thuật triệt đốt; cơn nhịp nhanh nhĩ bền bỉ thường hay gặp hơn các cơn nhanh nhĩ kịch phát. Các cơn nhịp nhanh nhĩ này có thể gây triệu chứng nặng nề hơn cho bệnh nhân bởi tần số thất thường nhanh và khó kiểm soát hơn so với rung nhĩ. Chuyển nhịp, các thuốc chống rối loạn nhịp hoặc các thuốc làm giảm dẫn truyền qua nút nhĩ thất có thể được sử dụng trong thời gian ngắn, tuy vậy hầu hết các bệnh nhân cần được tiến hành triệt đốt cơn nhịp nhanh nhĩ mới xuất hiện này.