Sau khi nhà Tây Tấn mất, dân tộc Hán phải dời xuống phương Nam, chiếm những vùng đất hoang chưa khai khẩn, kiến thiết nền văn minh nhà Hán tại phương Nam, cho nên khắp vùng Giang Tả gọi là “Nam phương văn hóa” tức là văn hóa nhà Hán. Văn hóa của Phật giáo cũng đi đôi với văn hóa Hán mà truyền vào, ngày một thịnh đạt. Nhưng vì văn hóa, địa lý, dân tộc của phương Bắc và phương Nam khác nhau, nên tính chất của Phật giáo phương Nam cũng khác với Phật giáo phương Bắc.
Phật giáo thuộc nhà Đông Tấn ở phương Nam, những người đại biểu truyền bá tư tưởng Phật giáo có các Ngài Tuệ Viễn, Giác Hiền, Thi Lê Mật Đa La v.v. Đặc biệt, Ngài Tuệ Viễn ở núi Lư Sơn phương Nam, cũng như Ngài La Thập ở Tràng An phương Bắc, hai Ngài đều là hai vị Tăng tuấn kiệt đương thời, nhưng về tính chất tôn giáo của hai Ngài có nhiều điểm khác biệt: Ngài La Thập là lãnh tụ của Phật giáo phương Bắc, lấy kinh thành Tràng An, nơi tập trung nhân vật quan trọng, làm căn cứ trung tâm truyền đạo; Ngài Tuệ Viễn, lãnh tụ Phật giáo phương Nam, lại lấy núi Lư Sơn, nơi tịch mịch u nhàn, làm đạo tràng trung tâm tu học. Ngài La Thập thì nhận sự ưu đãi của nhà vua giữ chức “Quốc sư”, Ngài Tuệ Viễn lại lánh nơi quyền thế, và chủ trương “Sa môn bất bái quốc vương”. Vậy nên Phật giáo phương Bắc ví như hoa xuân đua nở, có đầy sinh khí, Phật giáo Lư Sơn ví như cây khô cuối thu, có ý vị u nhàn.
Tuệ Viễn (334 - 416): Ngài người Nhạn Môn (tỉnh Sơn Tây) thuở nhỏ theo Nho học và Đạo học, tới 21 tuổi cùng với em là Tuệ Trì nhập môn Ngài Đạo An, đầu Phật xuất gia. Sau khi đã xuất gia, Ngài là người thông minh xuất chúng, nên được thầy khen ngợi. Vì ở phương Bắc có loạn nên Ngài cùng thầy phải rời Tràng An lánh về Tương Dương. Sau Ngài vâng mệnh thầy đi các địa phương truyền đạo, nhân đến Lư Sơn, một nơi rất u nhàn, tịch mịch, Ngài liền lưu tại đó. Ở Lư Sơn, trước đã có bạn đồng học của Ngài là Tuệ Vĩnh lập ra chùa Tây Lâm, sau Ngài lại dựng ra chùa Đông Lâm, chùa này sau trở thành một Thánh địa, trung tâm truyền bá Phật giáo ở phương Nam. Ngài trụ trì chùa này suốt khoảng 30 năm, chưa một lần bước chân khỏi núi. Tới năm thứ 12 niên hiệu Nghĩa Hy (416) thì tịch, xuân thu vừa 83 tuổi.
Trên phương diện giáo học, Ngài Tuệ Viễn chủ trương cả ba môn học là “Giới, Định và Tuệ”, nhưng Ngài lấy thiền học làm trung tâm. Vì kinh điển về thiền học chưa có đủ, giới luật hãy còn thiếu sót, nên Ngài có sai đệ tử là Pháp Tịnh và Pháp Lĩnh qua Tây Vực tìm nguyên văn Phạn bản, và đương thời ở phương Bắc có Ngài Giác Hiền đã tới Tràng An, Ngài liền sai sứ thỉnh Ngài Giác Hiền tới núi để dịch bộ Đạt Ma Đa La Thiền Kinh. Khi Ngài Pháp Lĩnh đi Tây Vực, tìm được nguyên bản Phạn văn kinh Hoa Nghiêm ở Vu Điền đem về, Ngài Giác Hiền lại dựa vào bản đó phiên dịch thành chữ Hán. Riêng Ngài Tuệ Viễn đã trước tác được những bộ: Pháp Tính Luận, Sa Môn Bất Bái Vương Giả Luận, Đại Trí Độ Luận Sao và viết tựa nhiều bộ kinh khác. Ngài là bậc nghiêm trì giới luật, đức độ siêu quần, nên đã cảm hóa được nhà vua. Đời vua An Đế tuy có lệnh đào thải Tăng Ni, nhưng chỉ riêng có Lư Sơn là ngoại lệ. Ngài còn can nhà vua bãi bỏ lệnh bắt thầy tu phải bái vương giả, mà quyển Sa Môn Bất Bái Vương Giả Luận là một chứng minh.
Nhưng đến năm thứ 2 niên hiệu Nguyên Hưng (403), có quan Tể tướng Hoàn Huyền đời vua An Đế lấy cớ rằng: “Thiên, Địa, Vương là ba ngôi chí tôn, trời đất để che chở, vua để trị vì trong thiên hạ, vậy Sa môn cũng phải kính lễ đức lớn của nhà vua”. Sau Ngài Tuệ Viễn dâng thư phản kháng. Ngài liền viết cuốn Sa Môn Bất Bái Vương Giả Luận để nói rõ sự khác biệt giữa lễ nghi của thế gian và của xuất thế gian, vì vậy Sa môn không phải lạy vua. Đó cũng là một vấn đề quan trọng đã được giải đáp cho hậu thế.
Tại Lư Sơn, Ngài Tuệ Viễn còn lập ra hội niệm Phật, gọi là “Bạch Liên Xã”. Sở dĩ có tên Bạch Liên Xã là vì Tạ Linh Vận có đào một cái ao lớn ở trước cửa chùa Đông Lâm, trong ao có trồng một thứ sen trắng, nên theo ý nghĩa đó mà đặt tên hội. Những người gia nhập hội này, không phân biệt xuất gia hay tại gia, chỉ cốt cùng một chí nguyện lễ bái và niệm hồng danh Đức Phật A Di Đà. Hội viên có 123 người, do Ngài Tuệ Viễn chủ hội. Trong số đó có 18 người được gọi là “Hiền Nhân”, tức là “Đông Lâm thập bát hiền”. Trước hết bên xuất gia có Ngài Tuệ Viễn, Tuệ Vĩnh, Tuệ Trì, Đạo Sinh, Đàm Thuận, Tuệ Duệ, Đàm Hằng, Đạo Bính, Đàm Tiên, Đạo Kinh, Phật Đà Da Xá, Phật Đà Bạt Đà La, bên tại gia có cư sĩ Lưu Trình Chi, Trương Dã, Chu Tục Chi, Trương Thuyên, Tôn Bính, Lôi Thứ Tôn. Về hình thức của hội này là một tổ chức quan trọng để phát triển giáo đoàn của Phật giáo ở đời sau.
Ngài Giác Hiền và chùa Đạo Tràng: Kiến Khang là kinh đô của nhà Đông Tấn, trong kinh thành đó có ngôi chùa Đạo Tràng. Ngôi chùa này cũng giống như Lư Sơn là trung tâm truyền bá giáo lý ở phương Nam. Những vị đại biểu hoạt động ở nơi này có Ngài Phật Đà Bạt Đà La, Pháp Hiển, Tuệ Quán, Tuệ Nghiêm v.v.
Phật Đà Bạt Đà La (Buddhabhadra, 359 - 429): Phật Đà Bạt Đà La, Hán dịch là Giác Hiền, Ngài người Bắc Thiên Trúc, nghiêm trì giới luật, lại tinh thông về thiền quán, nhận lời thỉnh của vị Tăng “nhập Trúc cầu Pháp” là Trí Nghiêm, Ngài tới Tràng An vào năm thứ 10 niên hiệu Hoằng Thủy (408) nhà Tiền Tần. Khi Ngài tới Tràng An, đương thời Ngài La Thập đã có hơn 3000 học đồ, tiếng tăm lừng lẫy, Ngài cũng đã giao du với Ngài La Thập, bàn luận về Pháp tướng, nhưng sau giáo đoàn của hai Ngài không dung hòa nhau, nên Ngài trở về phương Nam, nhận lời mời của Ngài Tuệ Viễn tới Lư Sơn, dịch ra bộ Đạt Ma Đa La Thiền Kinh. Ngài chỉ ở Lư Sơn trong khoảng hơn một năm rồi rời Lư Sơn tới trụ trì ở chùa Đạo Tràng thuộc Kiến Khang, chuyên về công việc phiên dịch. Ngài ở chùa này hơn 18 năm, tới niên hiệu Nguyên Gia năm thứ 6 (429) thì tịch, thọ 71 tuổi. Các kinh điển Ngài đã dịch như bộ Đại Phương Quảng Phật Hoa Nghiêm Kinh 60 quyển, Ma Ha Tăng Kỳ Luật 40 quyển (nguyên bản Phạn văn do Ngài Pháp Hiển mang về), Đại Bát Nê Hoàn Kinh 6 quyển. Những bộ kinh Ngài dịch chung với Ngài Pháp Hiển có Tân Vô Lượng Thọ Kinh 2 quyển, Quán Phật Tam Muội Kinh 8 quyển v.v. Đặc biệt, Hoa Nghiêm Kinh sau khi được dịch ra có ảnh hưởng rất lớn tới nền giáo học. Sau cũng có Ngài Thực Xoa Nan Đà, đời Đường dịch bộ Hoa Nghiêm Kinh 80 quyển gọi là “Tân dịch”, còn bộ 60 quyển gọi là bản “Cựu dịch”.
Phong trào nhập Trúc cầu Pháp: Phong trào này mở đầu từ Ngài Chu Sĩ Hành đời Tam Quốc tới Tây Vực, rồi đến Ngài Pháp Tịnh, Pháp Lĩnh tới Vu Điền. Nhưng ở đời Đông Tấn, các vị tăng “nhập Trúc cầu Pháp” nổi tiếng nhất là Ngài Pháp Hiển, Trí Nghiêm, Bảo Vân.
Pháp Hiển: Ngài người Bình Dương (tỉnh Sơn Tây), sau khi đi xuất gia, có chí nguyện “nhập Trúc cầu Pháp”. Ngài xuất phát từ Tràng An, từ năm thứ 3 niên hiệu Long An (399), cùng đi với Ngài có các bạn đồng học là Tuệ Cảnh, Đạo Chỉnh, Tuệ Ứng, Tuệ Ngỗi. Ngài và các bạn đồng hành phải xuyên qua sa mạc mênh mông, trèo đèo vượt suối, rất gian nan vất vả, những bạn đồng hành có người hoặc đã tịch giữa đường, hoặc phải quay trở về nước, chỉ có mình Ngài là tới được Thiên Trúc, và đi chu du hơn 30 nước ở Ấn Độ, rồi tới nước Sư Tử (Tích Lan) theo đường biển trở về Thanh Châu (tỉnh Sơn Đông) vào năm thứ 10 niên hiệu Nghĩa Hy (414) nhà Đông Tấn. Ngài “nhập Trúc cầu Pháp” khoảng 15 năm. Sau từ Thanh Châu, Ngài đem những nguyên văn Phạn bản đã thỉnh được về Kiến Khang, cùng với Ngài Giác Hiền dịch ra bộ Đại Bát Nê Hoàn Kinh 6 quyển, và bộ Ma Ha Tăng Kỳ Luật. Đặc biệt trong khi đi cầu pháp, Ngài đã soạn được cuốn Phật Quốc Ký (cũng gọi là Pháp Hiển Truyện) rất có giá trị không kém bộ Tây Vực Ký của Ngài Huyền Trang đời Đường. Đây là hai bộ sách chỉ nam để nghiên cứu tình hình Phật giáo Ấn Độ và Tây Vực.
Trí Nghiêm: Trước và sau thời kỳ Ngài Pháp Hiển đi cầu pháp, cũng có nhiều vị “nhập Trúc cầu Pháp”. Trong khi Ngài Pháp Hiển đi tới nước Ô Di (Kurashar) thì gặp Ngài Trí Nghiêm, Tăng Cảnh, Huệ Giản, Bảo Vân, nhưng trong số đó chỉ có Ngài Trí Nghiêm đi được tới nước Kế Tân (Kashmir), Bảo Vân cũng đi tới được đến Bắc Thiên Trúc rồi trở về, còn các vị khác hoặc mất giữa đường, hoặc trở về nước. Ngài Trí Nghiêm khi tới nước Kế Tân, gặp được Ngài Phật Đà Bạt Đà La (Giác Hiển) và thỉnh Ngài về Tràng An. Sau khi về Tràng An, Ngài Trí Nghiêm lại tới Sơn Đông, rồi về Kiến Khang, cùng với Ngài Bảo Vân dịch Kinh Phổ Diệu, Tứ Thiên Vương. Và để nghiên cứu thêm về thiền quán, nên Ngài lại đi theo đường biển tới Thiên Trúc, rồi mất ở nước Kế Tân, thọ 78 tuổi.
Ngài Bảo Vân khi về đến Tràng An, theo Ngài Giác Hiển cùng dịch kinh tại chùa Đạo Tràng ở Kiến Khang. Riêng Ngài đã dịch bộ Kinh Phật Bản Hạnh, Kinh Tịnh Độ Tam Muội. Tới niên hiệu Nguyên Gia năm thứ 26 (449) thì tịch, thọ 70 tuổi. Phong trào “nhập Trúc cầu Pháp” ở thời đại Đông Tấn rất sôi nổi, như các Ngài Tăng Triệu, Tuệ Đạt, Trí Mãnh, Tăng Mãnh, Đàm Lăng, Đạo Thái, Đạo Phổ, Đạo Dược, Pháp Thịnh v.v., cũng chung một mục đích “nhập Trúc cầu Pháp”, để trực tiếp đưa Phật giáo từ Ấn Độ về Trung Quốc; nhưng vì phải băng qua sa mạc lớn ở Tây Vực, và đường đi hiểm trở của dãy núi Thông Lĩnh, còn đi đường biển thì lại gặp phải tai nạn sóng gió, nên mười người đi chỉ có một hay hai người trở về được, còn đều bị vùi thân ở vùng cát trắng, rừng rậm, hoặc an giấc ở dưới đáy biển sâu thẳm.
Thi Lê Mật Đa La (Srimitra). Ngài người nước Quy Tư, tới Trung Quốc từ khoảng niên hiệu Vĩnh Gia (307- 312) đời Tây Tấn, Ngài trụ trì ở chùa Kiến Sơ, tại Kiến Khang, và đã phiên dịch được những bộ thuộc kinh điển Mật giáo như Khổng Tước Vương Kinh, Quán Đỉnh Kinh v.v. Những tư tưởng trong bộ kinh này đã manh nha cho sự thành lập Mật giáo ở đời sau.