(Kể cả Phật giáo phương Bắc và phương Nam)
1. Giáo đoàn của Phật giáo hình thành
Giáo đoàn của Phật giáo Ấn Độ thì gồm có tứ chúng là Tỳ kheo, Tỳ kheo Ni, Ưu bà tắc, Ưu bà di. Tỳ kheo và Tỳ kheo Ni thuộc giới xuất gia, Ưu bà tắc và Ưu bà di thuộc giới tại gia. Sau khi Phật giáo từ Ấn Độ truyền vào Trung Quốc, đời Hậu Hán, chỉ mới có Sa môn ngoại quốc, còn người Hán vẫn chưa được chính thức cho phép xuất gia. Sau có Nghiêm Phật Điều, là người Hán đầu tiên xuất gia, theo Ngài An Thế Cao học về Thiền Kinh. Tới đời Tam quốc, Chu Sĩ Hành cũng là người Hán đi xuất gia, được làm phép tác pháp yết ma thụ giới đầu tiên, rồi dần dần người Hán được phép đi xuất gia, nên người xuất gia mỗi ngày mỗi đông, và hình thành từng tập đoàn. Ở thời đại nhà Tây Tấn, Tăng Ni chỉ có 3.700 người, chùa cảnh có 180 ngôi. Nhưng tới thời đại nhà Đông Tấn thì số Tăng Ni đã lên tới 24.000 người, chùa cảnh có 1.768 ngôi, đó là chưa kể Phật giáo ở phương Bắc. Tăng Ni ngày càng đông, chùa cảnh ngày càng nhiều, nên hình thức của giáo đoàn cũng phải xúc tiến. Giáo đoàn của Phật giáo được hình thành trước tiên là do đồ chúng của Ngài Phật Đồ Trừng rồi đến giáo đoàn được cụ thể hóa hơn cả là giáo đoàn của Ngài Tuệ Viễn, đó là hình thức tổ chức “Bạch Liên Xã”.
Giáo đoàn sau khi được hình thành thì cai quản giáo đoàn là việc tất yếu, nên Ngài Đạo An đã chế định ra ba điều để làm hiến chương cho Tăng chúng. Điều thứ nhất là phép “Hành hương, Định tọa”, điều thứ hai là phép “Sáu thời hành đạo”, điều thứ ba là phép “Bố tát, Sám hối”. Ngài Tuệ Viễn cũng chế ra những quy chế như “Pháp xả tiết độ tự”, “Ngoại tự tăng tiết độ tự”, “Tỳ kheo Ni tiết độ tự”. Ngoài ra còn đặt các chức sự để quản lý công việc trong Tăng đoàn, như đệ tử Ngài La Thập là Tăng Lược làm chức Tăng Chính, Ngài Tăng Tiên làm chức Duyệt Chúng, Pháp Khâm làm chức Tăng Lục đã thấy xuất hiện.
2. Giáo học của Phật giáo phát triển
Phật giáo đời Tây Tấn chỉ lấy việc phiên dịch kinh điển làm chính, nhưng tới thời đại Đông Tấn thì Phật giáo không những chỉ chú trọng ở việc phiên dịch mà còn chú trọng cả việc nghiên cứu để phát triển tư tưởng của Phật giáo. Trong thời đại Đông Tấn, Phật giáo lấy tư tưởng “Không” trong Kinh Bát Nhã làm trọng yếu, và tách tư tưởng Lão Trang ra khỏi Phật giáo. Vì ở thời kỳ Phật giáo lúc đầu mới phôi thai, nên phải dựa vào phương pháp “Cách nghĩa”. Cách nghĩa, nghĩa là mượn tư tưởng của Lão Trang để thuyết minh và lý giải Phật giáo. Ngài Đạo An là người cực lực phản đối tư tưởng “Cách nghĩa” đó. Ngài Đạo Sinh thì phát minh phương pháp chia khoa mục để chú thích kinh điển. Ngài Tuệ Quán khi sửa chữa lại Kinh Niết Bàn đã nghĩ ra lối phán thích về giáo tướng của Phật giáo, nghĩa là đem giáo lý của Đức Phật trong một đời Ngài đã nói chia làm Đốn giáo và Tiệm giáo, Tiệm giáo lại chia ra Ngũ thời giáo. Trong thời đại này, Kinh A Hàm và Tiểu thừa A Tỳ Đàm đã được dịch ra, nên có phong trào nghiên cứu về A Tỳ Đàm học, sau này gọi là “A Tỳ Đàm Tôn”. Ngài La Thập dịch các bộ luận Đại thừa như Trung Luận, Bách Luận, Thập Nhị Môn Luận, sau các nhà học giả nghiên cứu đều căn cứ trên các bộ luận đó, để thành lập ra “Tam Luận Tông”, nếu gồm cả Đại Trí Độ Luận thì gọi là Tứ Luận Tông, và Thành Thực Luận, sau trở thành Thành Thực Tông. Kinh Niết Bàn là tư tưởng căn bản của Phật giáo phương Nam, sau trở thành “Niết Bàn Tông”. Tư tưởng duyên khởi của Kinh Hoa Nghiêm sau trở thành “Hoa Nghiêm Tông”, Kinh Pháp Hoa cũng trở thành giáo học quan trọng cho đời sau. Tóm lại, các giáo học của Phật giáo ở thời đại sau có thể nói đều do tư tưởng của thời đại này mà phát triển.
Về phương diện tôn giáo tín ngưỡng, như tín ngưỡng Phật A Di Đà, Phật Di Lặc và Bồ Tát Quan Thế Âm cũng bắt đầu có từ thời đại này. Thí dụ, tín ngưỡng Phật A Di Đà thì bắt đầu từ Ngài Tuệ Viễn, có thể nói Ngài Tuệ Viễn là thủy tổ của Tịnh độ giáo. Tín ngưỡng Phật Di Lặc, bắt đầu từ Ngài Đạo An. Tín ngưỡng Bồ tát Quan Thế Âm, bắt đầu từ Bôi Độ, Pháp Thuần và Pháp Kiều. Vì Bôi Độ niệm danh hiệu đức Quan Thế Âm để cầu khỏi bệnh tật, Pháp Thuần thì cầu việc hàng hải bình an, Pháp Kiều thì mong cầu được “Diệu Âm”. Do những tín ngưỡng kể trên phát triển mạnh mẽ, nên Phật giáo rất dễ dàng được phổ cập trong dân gian.
Ngoài ra, Phật giáo trong thời đại này cũng có tổ chức những hoạt động cứu tế xã hội, như là việc chữa bệnh, và làm nhà chẩn bần để cứu giúp dân nghèo v.v.