Sự phát triển của giáo đoàn: Giáo đoàn của Phật giáo đã được hình thành từ đời Tây Tấn và Đông Tấn, nhưng đến thời đại Nam Bắc Triều thì giáo đoàn được phát triển rất nhanh chóng. Căn cứ vào bộ Biện Chính Luận của Pháp Lâm và Tục Cao Tăng Truyện của Đạo Tuyên, số Tăng Ni và tự viện như sau:
Theo bảng thống kê thì số Tăng Ni và tự viện gia tăng quá nhanh. Nguyên nhân sự gia tăng đó, là do lịch đại các triều vua đa phần đều bảo hộ Phật giáo xây cất rất nhiều chùa, tháp, mặt khác do vương công, bách quan và quý tộc cùng thi nhau dựng chùa, tạc tượng. Trong các ngôi chùa, có nhiều ngôi nguy nga tráng lệ. Niên hiệu Hy Bình (516) đời vua Hiếu Minh Đế Bắc Ngụy, ngôi chùa Vĩnh Ninh ở thành Lạc Dương do Linh Thái hậu phát nguyện xây cất, Phật điện lộng lẫy nguy nga như “Thái Cực Điện” và còn cất một tòa tháp rất cao. Trong Phật điện có 3.000 pho tượng, và có hơn 1000 gian phòng và lầu quán. Chùa Đại Ái Kính do Lương Võ Đế dựng ở phương Nam, từ chính điện tới Tam quan dài 7 dặm, gồm có 36 viện, trong chùa có đủ cả suối, rừng cây cảnh, chẳng khác chi động Thiên cung. Trong chùa thường có hơn 1000 tăng chúng tu trì học đạo. Tự viện và Tăng Ni là trung tâm của giáo đoàn, nên các “Pháp xã” và “Ấp xã” cũng xuất hiện rất nhiều. Các Pháp xã ở phương Nam thì chú trọng vào việc tổ chức các pháp hội như “Vô giá đại hội” và “Bát quan trai hội” v.v., bao hàm nhiều phần tử quý tộc, các Pháp xã ở phương Bắc lại chú trọng vào việc dựng chùa, tạc tượng, để cầu phúc báo ở hiện thế và lai thế, bao gồm nhiều phần tử thứ dân. Đó cũng là nguyên nhân phát triển của giáo đoàn Phật giáo.
Đặc biệt ở thời đại này có Ni Tăng giáo đoàn xuất hiện. Từ thời Tam Quốc tới thời Tây Tấn và Đông Tấn, tuy cũng có Ni phái đi xuất gia, nhưng chưa biết cách tác pháp yết ma thọ giới, mãi tới thời nhà Tống, trong khoảng năm Nguyên Gia thứ 10 (433), mới dựa vào bộ Tứ Phần Tỳ Kheo Ni Pháp do Ngài Cầu Na Bạt Ma dịch, thiết lập giới đàn để truyền giới cho Ni chúng, vì thế nên giáo đoàn Ni chúng được thành lập từ đó. Các chùa thuộc Ni Tăng giáo đoàn, như chùa Đạo Quang ở thành Lạc Dương Bắc Ngụy cũng rất nguy nga, trong chùa có tới 500 gian; chùa Đại Trí Độ do vua Lương Võ Đế dựng, hàng ngày thường có hơn 500 Ni chúng tu học. Hơn nữa chùa còn là nơi ẩn dật, tu hành của các Vương phi, Hoàng hậu, Phùng Hoàng hậu của vua Hiếu Văn Đế, và Cao Hoàng hậu của Tuyên Võ Đế, cũng đều đi xuất gia, làm Ni tại chùa Đạo Quang v.v.
Hệ thống tổ chức: Hệ thống tổ chức của giáo đoàn Phật giáo ở thời đại Nam Bắc Triều, trước hết có các chức Đại Thống, Tăng Chính, rồi đến các chức Quận Thống, Huyện Thống, hay Duy Na v.v. Như ở Bắc Triều, có các Ngài Tăng Hiển, Đàm Diệu lần lượt giữ chức Đạo Nhân Thống, và Tuệ Quang, Pháp Thượng, Linh Dụ lần lượt giữ chức Sa Môn Đại Thống, hoặc Sa Môn Thống để quản lý Tăng chúng. Vì cơ quan trung ương của Sa Môn Thống đặt ở Chiêu Huyền Tự, nên lại có tên là Chiêu Huyền Sa Môn Thống hay Quốc Thống, hoặc Chiêu Huyền Sa Môn Đô Thống. Dưới Chiêu Huyền Sa Môn Thống lại đặt ra chức Châu Thống, Huyện Thống, Quận Thống ở các địa phương để thống nhiếp giáo đoàn. Ở Nam triều, các cơ quan trung ương của giáo đoàn, không gọi là Sa Môn Thống, hay Quốc Thống, mà lại đặt ra chức Tăng Chính, Tăng Chủ, Pháp Chủ; dưới Tăng Chính đặt ra chức Đô Ấp Tăng Chính và Đô Ấp Duy Na ở các địa phương. Những người nhận các chức vụ kể trên, cũng được hưởng bổng lộc và kẻ hầu người hạ như các quan triều đình. Ngoài ra, trong mỗi chùa lại đặt ra chức Thượng tọa là chủ chùa, và các chức Duy Na, Tự vụ v.v., để cai quản công việc trong chùa.
Các chức vụ như Sa Môn Thống và Tăng Chính có đặc quyền, nương vào giới luật của Phật mà chế định ra quy luật cho giáo đoàn, không lệ thuộc với pháp luật của nhà nước, chỉ trừ trường hợp phạm trọng tội mới phải chịu sự xử phạt của pháp luật quốc gia.
Về tài sản của các chùa là tài sản chung của giáo đoàn. Tài sản của các chùa, một nguồn lợi lớn nhất là Tự điền do đàn việt tự phát tâm cúng vào chùa, rồi đến ký điền là ruộng của đàn việt truy tiến, tức là ruộng bầu hậu v.v. Như vua Văn Đế nhà Tống có đặt ra một thứ “Thường trụ điền” rất lớn ở chùa A Dục. Lương Võ Đế lại miễn hết thuế khóa cho các chùa viện. Phạm Thái, sau khi kiến lập chùa Kỳ Hoàn đã để ra 60 mẫu ruộng vườn cúng vào chùa. Giáo đoàn ở Nam triều, cũng như Bắc triều đều phát triển mạnh, nên tài sản của giáo đoàn cũng rất lớn.
Giáo đoàn trụy lạc: Giáo đoàn của Phật giáo tuy tới chỗ cực thịnh như trên đã kể, nhưng đó cũng là nguyên nhân cho trụy lạc. Giáo đoàn ở Bắc triều, số Tăng Ni lên tới 2.000.000, những người thành tâm vì Phật pháp đi xuất gia thì ít, mà những người vì lợi dụng hoàn cảnh được miễn phu phen, tạp dịch, thuế khóa, rồi đi xuất gia lại nhiều. Chân tà trở thành hỗn độn, phần nhiều chỉ tham danh cầu lợi, không có ý chí cao thượng của người xuất gia, nên giáo đoàn dần dần bước vào giai đoạn trụy lạc. Về việc xây cất chùa viện thì quá nguy nga lộng lẫy, làm sút kém cả nền tài chính của quốc gia, vì thế nên đã có lệnh hạn chế việc xây cất chùa tháp. Hai thời kỳ phá Phật ở thời đại Bắc triều, cũng là do nguyên nhân trụy lạc của giáo đoàn đã gây ra một phần nào.
Sự nghiệp xã hội: Ở thời đại này, Phật giáo cũng rất chú trọng vào công cuộc cứu tế xã hội và giáo dục nhân dân. Các chùa viện phần nhiều là trung tâm để giáo dục và truyền bá giáo lý cho nhân dân. Như các Ngài Đạo Chiếu, Tuệ Cử, Đàm Tôn, Đàm Quang, Tuệ Phần, Đạo Nho, Tuệ Trọng, Pháp Nguyện, Pháp Kính v.v, là những vị có đặc tài thuyết giáo hóa đạo cho dân chúng. Trên phương diện cứu tế có Sa môn Đàm Diệu đã tâu vua xin lập những kho thóc dự trữ để giúp đỡ dân trong lúc đói kém, kho thóc đó gọi là “Tăng kỳ túc”. Vua Lương Võ Đế cũng đặt ra những kho “Vô tận tạng” để làm những công việc phóng sinh, bố thí. Các chùa cũng làm nhiều việc như bắc cầu, xây quán, đào giếng, và lập nhà trọ không mất tiền cho những khách nhỡ đường.
Lễ nghi của Phật giáo: Về lễ nghi của Phật giáo thông thường gọi là “Pháp hội”. Pháp hội đã có từ đời Đông Tấn, nhưng tới đời Nam Bắc triều thì rất thịnh hành. Trước hết có Pháp hội về ngày Đức Phật Đản sinh, ngày 8 tháng 4, gọi là Quán Phật hội; hay Lễ Tắm Phật, phổ biến khắp các chùa, và hội rước Phật để mọi người được dâng hương tán hoa, rồi đến hội Vu Lan Bồn ngày 15 tháng 7, hội Phật Thành đạo vào ngày 8 tháng 12, hội Phật Niết Bàn vào ngày 15 tháng 2. Ngoài ra, còn có các hội như Bát quan trai, Vô Giá Đại hội và Diên Thọ hội, kết hạ an cư v.v.
Sự tín ngưỡng của quần chúng: Trong thời đại này không chỉ tư tưởng giáo học của Phật giáo được phát triển, mà tín ngưỡng cũng lan rộng hầu khắp các tầng lớp. Như trong chốn cung đình thì thường mở các cuộc “Vô giá đại hội” và “Trai hội”, “Kỳ an hội” để cầu quốc thái dân an, các hàng quý phái thì thường thụ giới “Bát quan trai” và tín ngưỡng Phật Di Lặc để mong cầu được vãng sinh lên cung trời Đâu Suất; trong dân chúng thì thịnh hành tín ngưỡng Bồ tát Quan Thế Âm và Phật A Di Đà, để cầu tiêu tai giải ách và vãng sinh Tịnh độ. Thí dụ như Vương Huyền Mô đời Tống tụng Kinh Quan Âm mà khỏi được tội hình, Lưu Lễ nước Tề niệm danh hiệu Ngài mà khỏi được bệnh nặng. Người dân có khi tin theo tín ngưỡng Bồ tát Quan Thế Âm, đồng thời cũng lại trì tụng Kinh Pháp Hoa. Còn sự linh nghiệm niệm danh hiệu Phật A Di Đà mà được vãng sinh Tịnh độ, thấy chép rất nhiều trong Vãng Sinh Tập. Tóm lại, tín ngưỡng đức Quan Âm và Phật A Di Đà là tín ngưỡng được phổ cập khắp các tầng lớp quần chúng.