Sau khi nhà Tùy phục hưng Phật giáo, số Tăng Ni của giáo đoàn đã lên tới 236.000 người, và có 4.000 tự viện. Để thống lĩnh quản hạt giáo đoàn, trước hết có chức Đại Thống hoặc Quốc Thống, dưới Đại Thống còn đặt các chức Tăng quan ở các địa phương, cũng tương tự như thời Nam Bắc Triều. Đặc biệt, giáo đoàn Phật giáo đời Tùy có đặt ra năm chúng là “Niết bàn chúng”, “Đại luận chúng”, “Giảng luận chúng”, “Giảng luật chúng” và “Thập địa chúng”. Người đứng đầu mỗi chúng đều có trách nhiệm đôn đốc việc giáo dục và truyền bá tư tưởng trong mỗi chúng đó.
Phật giáo đời Tùy, ngoài việc phát huy văn hóa, đối với công cuộc từ thiện xã hội cũng tận lực tham gia hoạt động, và tiếp tục khai tạc các động Long Môn, Vân Cương và Thạch Kinh ở Phòng Sơn làm nơi truyền bá Phật giáo. Sa môn Tuệ Đạt thì lập ra kho thuốc lớn gọi là “Đại dược tạng” để cứu giúp những người bệnh, Đạo Thuấn thì chuyên việc trông nom săn sóc những người bệnh hủi và Pháp Thuận chuyên việc giúp đỡ những công việc nặng nhọc cho dân gian v.v.