Thiền tông: Giáo học Phật giáo đời nhà Nguyên chỉ có Lạt Ma giáo và Thiền tông. Nhân vật danh tiếng nhất của Thiền tông đương thời là Hải Vân Ấn Giản (1201 - 1256) thuộc hệ thống thiền Lâm Tế đầu thời nhà Nguyên. Ngài được sự trọng dụng của bốn đời vua Thái Tông, Định Tông, Hiến Tông và Thế Tổ. Ngài vừa là người thống lĩnh giáo đoàn Phật giáo, vừa là cố vấn chính trị các triều vua kể trên.
Ngoài ra, về Thiền tông còn có Ngài Vạn Tùng Hành Tú thuộc thiền Tào Động. Ngài là nhân vật hoạt động truyền bá tư tưởng Thiền tông từ thời nhà Kim cho tới đầu nhà Nguyên, và đời thường gọi là “Vạn Tùng Lão Nhân”. Trước tác danh tiếng nhất của Vạn Tùng Hành Tú là tập Thung Dung Lục. Bộ này cũng như tập Bích Nham Lục của Ngài Phật Quả Khắc Cần là hai tác phẩm trọng yếu của Thiền tông. Còn các trước tác khác thấy xuất hiện ở đời nhà Nguyên là bộ Phật Tổ Lịch Đại Thông Tải của Ngài Niệm Thường, Thích Thị Kê Cổ Lược của Giác Ngạn, Biện Ngụy Lục của Tường Mại và Triết Nghị Luận của Tử Thành.
Thiên Thai tông và Pháp Tướng tông: Ngoài Thiền tông ra, cũng có một số nhân vật của các tông khác xuất hiện như Ngài Ngọc Cương Mông Nhuận (1275 - 1324) trước tác bộ Tứ Giáo Nghi Tập Chú để truyền về Thiên Thai tông, Ngài Văn Tài và đệ tử là Liễu Tính truyền bá về Hoa Nghiêm tông, Ngài Anh Biện (1247 - 1314) và Chí Đức (1245 - 1322) truyền bá về Pháp Tướng tông. Hệ thống thuộc Tịnh độ giáo lúc bấy giờ cũng có đôi chút phát triển, và có rất nhiều hội niệm Phật được lưu hành. Ngài Phả Độ thuộc Hoa Nghiêm tông soạn ra bộ Liên Tông Bảo Giám, Ngài Trung Phong Minh Bản của Thiền tông soạn tập Hoài Tịnh Độ Thi, Ngài Thiên Như Duy Tắc cũng thuộc Thiền tông soạn bộ Tịnh Độ Hoặc Vấn và Sở Thạch Phạm Kỳ cũng thuộc Thiền tông soạn bộ Tây Tề Tịnh Độ Thi đều truyền bá về tư tưởng Tịnh độ giáo.
Lạt Ma giáo (Bla Ma): Lạt Ma giáo là một tôn giáo khác màu sắc Phật giáo. Giáo này truyền vào Trung Quốc từ đầu đời nhà Nguyên, được triều đình nhà Nguyên biệt đãi, nên rất thịnh hành. Nguyên lai Lạt Ma giáo là Phật giáo của Tây Tạng (Tibet). Phật giáo Tây Tạng được truyền vào từ Ấn Độ khoảng thế kỷ thứ VII, ở thời vua Sron Btsansgambo (Song Lộng Tán Tư Cam Phả Vương). Sau khi Phật giáo truyền vào Tây Tạng, được sự ủng hộ của nhà vua nên phát triển nhanh chóng. Sau thời vua đó khoảng hơn 100 năm, có Ngài Liên Hoa Sinh (Padmasambhava) từ Ấn Độ tới (749) để truyền bá Mật giáo. Mật giáo này được dung hợp với tôn giáo cổ truyền của Tây Tạng là giáo “Bon”, một tôn giáo sùng bái về thần linh, quỷ thần và bói toán, mà thành một thứ Mật giáo riêng biệt của Tây Tạng, tức là Lạt Ma giáo. Lạt Ma có nghĩa là Thượng nhân, nhưng ý nghĩa phổ thông là Sư trưởng hoặc Thiện tri thức, để tôn xưng vị Tăng của Tây Tạng. Người tin theo Phật giáo rất tin tưởng ở đức độ của Lạt Ma, nên gọi là Lạt Ma giáo. Vị giáo chủ cầm đầu của Lạt Ma giáo, đồng thời là một quốc trưởng nắm giữ cả quyền hành chính trị và tôn giáo của quốc gia. Do đó, Lạt Ma giáo ở Tây Tạng rất phát triển và có thế lực mạnh mẽ.
Tới thời vua Thái Tổ nhà Nguyên thì Lạt Ma giáo được truyền vào Trung Quốc, do sự truyền bá của Phát Tư Ba. Vì vua Thế Tổ đem quân tiến đánh Tây Tạng bắt được vị Giáo chủ của Lạt Ma giáo là Phát Tư Ba (Pagspa) thuộc phái Saskyapa1 của Phật giáo Tây Tạng đem về Mông Cổ từ thời kỳ đó. Ngài Phát Tư Ba được vua Thái Tổ rất trọng đãi, tặng Ngài là “Đế Sư” (Quốc Sư). Vì thế nên uy quyền của Ngài lẫm liệt, mỗi khi Ngài tới cung đình, trên từ Hoàng đế rồi đến công khanh, bách quan hết thảy đều ra tận cửa để nghênh tiếp. Năm Chí Nguyên thứ 6 (1269), Phát Tư Ba vâng sắc chỉ nhà vua, chế định ra chữ Mông Cổ để sử dụng trong nước, gọi là “Mông Cổ văn tự”, nên càng được vua trọng đãi hơn và được tặng tên hiệu là “Đại Bảo Pháp Vương” và được ban “Ngọc ấn”. Năm Chí Nguyên thứ 11 (1274) Ngài lại được vua Thế Tổ đưa trở về Tây Tạng và ủy thác Ngài toàn quyền cai trị Tây Tạng. Năm Chí Nguyên thứ 17 (1280) thì Ngài mất, thọ 42 tuổi. Khi Ngài mất, vua Thái Tổ rất mến tiếc, tặng Ngài tên là “Đại Bảo Pháp Vương, Tây Thiên Phật Tử, Đại Nguyên Đế Sư”
1 Phái Saskyapa là một trong năm phái của phái Hồng Mạo của Phật giáo Tây Tạng. Năm phái là Ninmapa, Kadanpa, Saskyapa, Karrgyutpa, và Atìsa.
Vua Thái Tổ sau khi tiếp nhận Lạt Ma giáo, thì không quan tâm đến Phật giáo cổ truyền là Thiền tông và các tôn giáo khác, mà coi Lạt Ma giáo như quốc giáo. Sở dĩ Lạt Ma giáo phù hợp với dân tộc Mông Cổ là vì giáo lý của Lạt Ma giáo thích hợp với tư tưởng cố hữu về tôn giáo, và tính tình của tộc người Mông Cổ, nên Lạt Ma giáo trở nên rất thịnh, dần dần lưu hành khắp Mông Cổ và tới cả Mãn Châu.