Triều đình Mông Cổ, kể từ đời vua Thái Tổ cũng đã trực tiếp liên kết và tận lực bảo hộ Phật giáo, như vua Thái Tổ thì tín nhiệm Ngài Hải Vân Ấn Giản và cư sĩ Da Luật Sở Tài, và đã mời để giúp đỡ công việc chính quyền của Mông Cổ. Thời vua Định Tông, cũng tín nhiệm Ngài Hải Vân, ủy quyền Ngài thống lĩnh giáo đoàn Phật giáo thuộc đất đai, dòng dõi người Hán. Đời vua Hiến Tông hạ sắc lệnh cho hết thảy các Tăng lữ được miễn trừ mọi thuế khóa tạp dịch. Sở dĩ Phật giáo được triều đình ủng hộ như vậy là do công lao vận động của các danh tăng người Hán. Tới đời vua Thế Tổ, Lạt Ma giáo từ Tây Tạng được truyền vào, sự sùng Phật của triều đình lại tăng gấp bội. Vua Thế Tổ rất tin sùng Lạt Ma giáo, năm Chí Nguyên thứ 7 (1270) vua sắc dựng chùa Hộ Quốc, năm thứ 9 (1272) sắc dựng các chùa Đại Thánh Thọ Vạn An, Long Hưng Hoa Nghiêm, Càn Nguyên và nhiều chùa khác ở các nơi để làm căn cứ truyền đạo của Lạt Ma giáo, vì thế mà Lạt Ma giáo quan hệ rất mật thiết với triều đình. Sau khi Phát Tư Ba mất, vua còn sắc dựng chùa Đế Sư ở các nơi, và tạc tượng Ngài để thờ. Triều đình nhà Nguyên, kể từ vua Thế Tổ trở về sau, đời vua nào cũng trực tiếp tín ngưỡng Lạt Ma giáo, và đều thỉnh các vị tăng từ Tây Tạng tới, tôn làm bậc “Đế Sư”, lấy đó làm thường lệ. Căn cứ vào Nguyên sử thì sự nghiệp sùng Phật, việc dựng chùa, xây tháp và việc tổ chức các ngày pháp hội của triều đình, được ghi chép rất nhiều.
Tăng lữ của Lạt Ma giáo lại rất được triều đình tôn kính, đặc biệt là các vị tăng người Tây Tạng. Như năm Chí Đại thứ 2 (1309), đời vua Võ Tông, vua hạ chiếu chỉ: “Phàm người dân nào ẩu đả với các vị Tăng Tây Tạng sẽ bị tội cắt tay, người nào lăng mạ sẽ bị tội cắt lưỡi”. Như vậy, đủ chứng tỏ sự tin tưởng cuồng nhiệt của triều đình nhà Nguyên đối với Lạt Ma giáo. Tăng lữ của Lạt Ma giáo được triều đình ủng hộ, nên tổ chức nhiều kỳ cầu đảo để lễ bái, làm hao hụt kho tàng của nhà nước, hơn nữa dân chúng thường bị nạn đói kém mất mùa, và đàn áp tàn ác. Thí dụ như việc ở cuối đời vua Thế Tổ, năm Chí Nguyên thứ 29 (1292), có Gia Mộc Vương Lặc Trí, nhậm chức Thích Giáo Tổng Thống ở vùng Giang Nam, đã hạ lệnh khai quật các phần mộ của vương triều nhà Tống, và làm những việc cướp của bắt người, vì thế mà dòng dõi người Hán trở nên oán giận triều đình nhà Nguyên, các tổ chức cách mạng nổi lên khắp nơi, để chống lại triều đình như là đoàn thể “Bạch Liên giáo”, “Bạch Vân tông”, “Đầu Đà tông” nổi dậy đều nêu khẩu hiệu “Phản Mông hưng Hán”, nghĩa là đoàn kết đánh đổ người Mông Cổ, thay thế bằng người Hán.
Sau cùng trong dân tộc Hán có Chu Nguyên Chương nổi lên diệt được triều đình nhà Nguyên, lập ra nhà Minh, tức là vua Thái Tổ nhà Minh.