Việc cai quản giáo đoàn Phật giáo thời nhà Nguyên, trước hết là Viện Tuyên Chính thuộc cơ quan trung ương của giáo đoàn. Trong cơ quan này có những chức như Tổng Thống, Tăng Lục và Chính Phó Đô Cương. Dưới Viện Tuyên Chính còn đặt ra các chức Tăng quan để thống lĩnh giáo đoàn Phật giáo ở các châu, phủ, huyện. Viện Tuyên Chính Viện thì trực thuộc quyền điều khiển của chức “Đế Sư”. Một khi mệnh lệnh của Đế Sư đã ban ra, cũng hiệu quả và đầy đủ uy quyền như mệnh lệnh của Hoàng đế nhà Nguyên.
Giáo đoàn Phật giáo đời Nguyên thì gia tăng quá nhanh. Số Tăng Ni và tự viện ở đời vua Thế Tổ, căn cứ vào sổ Đăng lục của Viện Tuyên Chính, tự viện có 42.318 ngôi, Tăng Ni có 213.148 người. Nhưng sau thời vua Thế Tổ, giáo đoàn mỗi ngày một gia tăng, nên số Tăng Ni lên tới hàng trăm vạn người.
Trong các tự viện, những chùa lớn quan hệ mật thiết với triều đình nhà Nguyên, nên thuộc về quan tự. Các chùa thuộc quan tự được triều đình thường ký tặng rất nhiều ruộng đất để lấy hoa lợi chi dụng trong chùa. Thí dụ như vua Thái Tổ năm Trung Thống thứ 2 (1261) đã ban 500 khoảnh ruộng đất cho chùa Tràng Thọ; vua Thánh Tông ở năm Đại Đức thứ 5 (1301) ban 100 khoảnh ruộng đất cho chùa Hưng Giáo, 90 khoảnh cho chùa Càn Nguyên, 600 khoảnh cho chùa Vạn An; vua Nhân Tông vào năm Hoàn Khánh thứ đầu (1312) ban 100 thửa quan điền cho chùa Sùng Phúc. Ngoài thứ ruộng đất của triều đình ban, lại thêm ruộng đất của vương công bách quan cúng dường, cũng như ruộng đất của các chùa mua lại của dân gian, nên số ruộng đất của các chùa rất nhiều, hơn nữa lại được miễn thuế khóa, nên kinh tế của giáo đoàn Phật giáo gia tăng nhanh chóng.
Nhưng sau vì sinh hoạt của các Tăng lữ thuộc Lạt Ma giáo, thường vượt ra ngoài phạm vi giới luật, say đắm vào cảnh trần tục, phần nhiều lại có vợ làm cho kỷ cương của Phật giáo trở nên hỗn loạn. Vì vậy nên đời vua Thế Tổ, năm Chí Nguyên thứ 7 (1270), vua đã hạ sắc lệnh, tất cả các Đạo sĩ và Tăng lữ, nếu ai là người có vợ, trái phạm với giới luật đều phải hoàn tục. Năm Chí Nguyên thứ 30 (1293), vua lại hạ sắc lệnh, người giữ chức Tăng quan, nếu có vợ đều bị cách chức. Sau triều đình lại hạ sắc lệnh nếu Tăng lữ hay Đạo sĩ, nếu ai có vợ đều phải nộp đủ các thứ thuế khóa, cũng như dân thường. Nghĩa là nếu đóng đủ các khoản thuế khóa, thì triều đình cho phép việc người tu hành có vợ. Vì thế giới Tăng lữ của Lạt Ma giáo có vợ ngày một nhiều, đưa Lạt Ma giáo vào vòng trụy lạc, làm xa cách nhân tâm, và cũng là nguyên nhân làm cho triều đình nhà Nguyên đi tới chỗ diệt vong.
Phật giáo đời nhà Nguyên, lấy Lạt Ma giáo làm “Cung đình Phật giáo”, còn trong dân gian thì đa phần vẫn tín ngưỡng về tư tưởng cổ truyền Phật giáo, lấy việc tu Thiền, niệm Phật làm môn tu chính thống.