Triều đình nhà Nguyên, một phần vì cuồng tín Lạt Ma giáo, một phần bị quyền thần chuyên chế làm hỗn loạn kỷ cương, hơn nữa trong dân gian lại xảy ra nhiều thiên tai đói kém, việc áp bức dân tộc người Hán, nên loạn lạc nổi dậy khắp nơi để chống lại chính quyền nhà Nguyên. Trong tộc người Hán có Chu Nguyên Chương dấy quân diệt được nhà Nguyên, rồi tự lên ngôi vua, lấy quốc hiệu là Hồng Đức (1368). Đời vua thứ ba là Thành Tổ đổi tên Yên Kinh là Bắc Kinh và lấy Bắc Kinh làm kinh đô, còn Kim Lăng đổi là Nam Kinh. Lịch đại Hoàng đế nhà Minh kế tiếp trị vì thiên hạ được gần 300 năm, gồm có 20 đời vua.
Phật giáo đời nhà Minh, trong khoảng 300 năm, lịch đại Hoàng đế nhà Minh vì nhận thấy cái tệ của Lạt Ma giáo, nên lại để tâm phục hưng về cựu lai Phật giáo, còn Lạt Ma giáo chỉ bảo hộ ở mức tương đối. Từ khi nhà Nguyên thất thế, thế lực của Lạt Ma giáo ngày càng suy vi, sau chỉ còn tồn tại ở địa phương Mông Cổ, và được đế quốc Mông Cổ tin sùng, duy trì bảo hộ. Vua Thái Tổ nhà Minh lúc thiếu thời là một vị tăng chùa Hoàng Giác tại Hào Châu (tỉnh An Huy) nên khi lên ngôi, vua tận lực bảo hộ Phật giáo. Các đời vua kế tiếp cũng theo gương đó mà tôn sùng Phật giáo, hơn nữa ở thời nhà Minh cũng có nhiều danh tăng xuất hiện, nên Phật giáo cũng rất phát triển.