Giáo học Phật giáo ở đời Minh thiên về khuynh hướng dung hòa giáo nghĩa của các tông, không có những tư tưởng giáo học mới phát triển như đời Tùy đời Đường, và không có những giáo nghĩa thuần túy của từng tông.
Những nhân vật tiêu biểu cho tư tưởng Phật giáo đời Minh, phần nhiều là người thuộc hệ thống Thiền tông, nhất là hệ thống thiền Lâm Tế. Về hệ thống này, trước hết có Ngài Sở Thạch Phạm Kỳ (1296 - 1370), Đạo Diễn, Pháp Chu Đạo Tế (1487 - 1560), Ngọc Chi Pháp Tụ (? - 1563), Vân Cốc Pháp Hội (? - 1567), Tượng Tiên Chân Thanh (1532 - 1588), Mật Vân Viên Ngộ (1566 - 1642) đến Thiên Ẩn Viên Tu (? - 1653) đều là những nhân vật hoạt động từ đầu đời Minh cho tới khoảng giữa đời Minh. Đặc biệt Sở Thạch Phạm Kỳ là một thiền tượng trứ danh nhất của thiền Lâm Tế, hoạt động từ cuối đời nhà Nguyên cho tới đầu đời nhà Minh, Ngài chủ trương tư tưởng “Giáo thiền nhất chí”, tức là “Thiền” và “Giáo” dung hòa với nhau, giáo cũng như thiền, và thiền không khác giáo, vì giáo là “Phật khẩu”, thiền là “Phật tâm”. Về trước tác của Ngài gồm có bộ Sở Thạch Phạm Kỳ Ngữ Lục (20 quyển) và Tây Tề Tịnh Độ (3 quyển) v.v. Ngài Đạo Diễn cũng là nhân vật hoạt động ở đầu đời Minh. Ngài là quân sư của vua Thái Tông, thường giúp đỡ vua về công việc chính trị và lại giữ chức Thái Tử Thiếu Sư nên đời thường gọi tên tục của Ngài là Diêu Quảng Hiếu hay Diêu Thiếu Sư. Trước tác của Ngài có tập Đạo Du Lục biện luận rõ sự ngụy vọng của Tống Nho bài xích Phật giáo, Tịnh Độ Yếu Nghĩa và Chư Thượng Thiện Nhân Vịnh thể hiện về tư tưởng Tịnh độ giáo của Ngài. Nhưng các nhân vật quan trọng đại biểu cho Phật giáo đời nhà Minh đều xuất hiện vào cuối đời đó như các Ngài Vân Thê Châu Hoằng, Tử Bách Chân Khả, Hám Sơn Đức Thanh và Ngẫu Ích Trí Húc v.v. Các Ngài đều chủ trương tư tưởng dung hòa giáo nghĩa của các tông để thống nhất Phật giáo, vậy có thể nói bốn Ngài kể trên là bốn Đại sư tiêu biểu cho Phật giáo đời Minh.
Vân Thê Châu Hoằng (1535 - 1615): Ngài người huyện Nhân Hòa, thuộc Hàng Châu (tỉnh Chiết Giang), hiệu là Liên Trì Đại sư, lúc đầu thọ giáo với Ngài Biện Dong thuộc Hoa Nghiêm tông, và Ngài Tiếu Nham thuộc Thiền tông, sau lại chu du bốn phương, rồi lui về ở núi Vân Thê làm nơi khai tràng thuyết pháp giảng đạo, tất cả dân thôn vùng đó đều được thấm nhuần sự giáo hóa của Ngài. Vì Ngài là người học rộng tài cao, nên thanh danh của Ngài vang dội bốn phương, môn đệ tăng tục tới tham học Ngài có tới hơn ngàn người. Trong môn đệ của Ngài có hai Ngài Quang Ấn (1566 - 1636) và Nguyên Hiền (1578 - 1657) là trứ danh nhất. Trước tác của Ngài gồm có Lăng Nghiêm Kinh Mô Tượng Ký (1 quyển), A Di Đà Kinh Sớ Sao (4 quyển), A Di Đà Kinh Sớ Sao Sự Nghĩa (1 quyển), Tịnh Độ Tứ Thập Bát Nguyện Vấn Đáp (1 quyển), Tịnh Độ Nghi Biện (1 quyển), Tây Phương Phát Nguyện Văn (1 quyển), Vãng Sinh Tập (3 quyển), Di Giáo Kinh Luận Sớ Tiết Yếu (1 quyển), Thiền Quan Sách Tiến (2 quyển), Phạm Võng Bồ Tát Giới Sớ Phát Ẩn (1 quyển), Sa Di Giới Luật Nghi (1 quyển), Chuy Môn Sùng Hành Lục (1 quyển), Thủy Lục Nghi Quỹ (6 quyển), Tự Tri Lục (1 quyển), Phóng Sinh Lục (1 quyển) , Trúc Song Tùy Bút (3 quyển) v.v., là những trước tác chủ yếu.
Ngài chủ trương tư tưởng dung hợp giáo nghĩa các tông để thống nhất Phật giáo. Đặc biệt, Ngài đã tận lực phục hưng về môn giới luật, lấy giới luật làm cơ sở, để điều hòa với thiền định và niệm Phật. Đối với Nho giáo, Ngài đem tư tưởng “Tam thế nhân quả” và “thiện ác báo ứng” của Phật giáo để điều hòa với tư tưởng Nho giáo. Ngài cho Nho giáo là giáo trị thế, Phật giáo là giáo xuất thế, đôi bên cần phải điều hòa tương trợ lẫn nhau.
Tử Bách Chân Khả (1543 - 1603): Ngài người đất Ngô Giang, tỉnh Giang Tô, cũng cùng thọ giáo ở Ngài Biện Dong Hoa Nghiêm tông, và còn được truyền tâm ấn về Thiền tông. Bạn đồng học với Ngài là Vân Thê. Ngài soạn những bài A Di Đà Phật Tán và Vô Lượng Thọ Phật Tán để truyền bá tư tưởng niệm Phật, trước tác bộ Bát Nhã Tâm Kinh Yếu Luận (1 quyển), Tử Bách Lão Nhân Tập (15 quyển) để nêu rõ tư tưởng dung hòa Phật giáo của Ngài. Nhưng công lao đáng kể của Ngài là việc phục hưng các chùa tháp ở các địa phương, và cùng với Ngài Hám Sơn Đức Thanh, Mật Tạng Đạo Khai cùng hiệp lực khai bản Đại Tạng Kinh, bản này thường gọi là Gia Hưng Bản.
Hám Sơn Đức Thanh (1546 - 1623): Ngài người Kim Lăng (Nam Kinh), cùng thọ giáo ở Ngài Biện Dong, Tiếu Nham, hoặc Ngài Vân Cốc v.v. Ngài là nhân vật chấn hưng về Thiền tông, nhưng lại tu về pháp môn niệm Phật. Trước tác của Ngài gồm có: Quán Lăng Già Ký (4 quyển), Pháp Hoa Kinh Thông Nghĩa (7 quyển), Viên Giác Kinh Trực Giải (2 quyển), Khởi Tín Luận Trực Giải (1 quyển) và rất nhiều các trước tác khác. Về tư tưởng, Ngài có tư tưởng dung hợp giữa Thiền và Hoa Nghiêm. Ngoài ra, Ngài còn trước tác các bộ Trung Dung Trực Giải (1 quyển), Lão Tử Giải (2 quyển), Trang Tử Nội Thiên Chú (7 quyển) v.v. Ngài thường đem tư tưởng Phật giáo để giải thích Nho giáo và Đạo giáo, mục đích để thực hiện tư tưởng dung thông điều hòa giữa ba giáo. Ba Ngài kể trên đều xuất hiện cùng thời đại, và cùng là môn hạ của Ngài Biện Dong, cùng hiệp lực phục hưng Phật giáo, làm cho Phật giáo cuối đời Minh rất phát triển.
Ngẫu Ích Trí Húc (1599 - 1655): Sau ba nhân vật kể trên khoảng 50 năm, có Ngài Ngẫu Ích Trí Húc xuất hiện. Ngài cũng như Ngài Vân Thê là hai ngôi sao sáng của Phật giáo đời Minh. Ngài người Tô Châu (tỉnh Chiết Giang) lúc nhỏ nghiên cứu về Nho học, nhân khi được đọc tập Trúc Song Tùy Bút và Tự Tri Lục của Ngài Vân Thê, liền phát tâm xuất gia, nghiên cứu về giáo học Thiên Thai.
Ngài phục hưng giáo học của Ngài Tứ Minh Trí Lễ. Trước tác của Ngài gồm có Giáo Quan Cương Yếu (1 quyển), Đại Thừa Chỉ Quán Thích Yếu (4 quyển), Pháp Hoa Hội Nghĩa (16 quyển), để truyền bá về tư tưởng Thiên Thai, nhưng Ngài vẫn chưa hài lòng, nên lại nghiên cứu về các tông. Ngài còn là nhân vật phục hưng về Luật tông, Pháp Tướng tông, Thiền tông và Tịnh độ tông. Vì Ngài cho rằng, Thiền là Phật tâm, Pháp là Phật ngữ, Luật là Phật hạnh, ba môn đó phải đầy đủ mới thì giáo học của Phật giáo mới hoàn thiện. Ngoài trước tác kể trên, Ngài còn soạn ra các bộ Lăng Già Kinh Nghĩa Sớ (9 quyển), Chiêm Sát Thiện Ác Nghiệp Báo Kinh Nghĩa Sớ (3 quyển), Phạm Võng Kinh Hợp Chú (8 quyển), Lăng Già Kinh Huyền Nghĩa (2 quyển), Tỳ Ni Tập Yếu (17 quyển), Giới Bản Kinh Tiên Yếu (1 quyển), Sa Di Giới Pháp (1 quyển), Tại Gia Luật Yếu Hậu Tập (3 quyển), Ngũ Giới Tướng Kinh Lược Thích (1 quyển), Bát Đại Nhân Giác Kinh Trực Giải (1 quyển), Duy Thức Quán Tâm Pháp Yếu (18 quyển), Duyệt Tạng Tri Tân (48 quyển), Di Đà Kinh Yếu Giải (1 quyển) và hơn 50 trước tác khác. Để dung hòa Phật giáo và Nho giáo, Ngài còn soạn và chú giải bộ Tứ Thư Ngẫu Ích Giải, Chu Dịch Thiền Giải (5 quyển).
Tịnh độ giáo phát triển: Ở đời nhà Minh có rất nhiều cư sĩ Phật giáo xuất hiện, nhiệt tâm khảo cứu Phật giáo. Tăng tục đều lấy Thiền và niệm Phật làm môn trung tâm tu trì, nên ở thời nhà Minh, Thiền tông và Tịnh độ giáo rất phát triển. Riêng về Tịnh độ giáo, từ đời nhà Tống trở lại vẫn được thịnh hành, tới đời Minh lại được rực rỡ hơn. Các nhân vật đại biểu hoằng truyền về Tịnh độ giáo, như trên đã kể, là các Ngài Vân Thê và Trí Húc. Ngài Vân Thê trước tác và chú sớ rất nhiều kinh điển về Tịnh độ giáo, Ngài Trí Húc còn trước tác bộ Tịnh Độ Thập Yếu (10 quyển). Ngoài ra, có cư sĩ Viên Hoành Đạo soạn bộ Tây Phương Hợp Luận (10 quyển), Chu Khắc Phục soạn bộ Tịnh Độ Chỉ Quy Tập (2 quyển), Thiền Đăng soạn bộ Tịnh Độ Pháp Ngữ, Vô Tận soạn bộ Tịnh Độ Sinh Vô Sinh Luận, Nhất Niệm soạn bộ Tây Phương Trực Chỉ (3 quyển), đều là những tác phẩm để truyền bá tư tưởng Tịnh độ giáo, vì thế nên Tịnh độ giáo ở đời Minh rất được phổ cập trong mọi tầng lớp và rất phát triển.
Lạt Ma giáo: Lạt Ma giáo từ đời Nguyên vẫn còn tiếp tục truyền trì cho đến nhà Minh. Nhưng triều đình nhà Minh nhận thấy các tệ nạn của Lạt Ma giáo đời Nguyên nên có những biện pháp đối phó tích cực và chỉ bảo hộ một cách tương đối, cũng ban tặng cho các vị tăng Tây Tạng chức Quốc Sư hoặc Pháp Vương nhưng Lạt Ma giáo đời Minh vẫn kém thế lực và kém phát triển hơn đời Nguyên. Tư tưởng về Lạt Ma giáo đời Minh thì khác hẳn với Lạt Ma giáo đời Nguyên. Vì Lạt Ma giáo đời Nguyên thuộc về “Hồng mạo phái” (phái mũ hồng), tức là Cựu Lạt Ma giáo, còn Lạt Ma giáo thời Minh thuộc “Hoàng mạo phái” (phái mũ vàng), tức là Tân Lạt Ma giáo.
Vì Hồng mạo phái Tây Tạng rơi vào vòng trụy lạc, phát sinh nhiều tệ nạn, nên vào đời nhà Minh, ở Tây Tạng có Ngài Tông Khách Ba (Tson-khapa, 1357 - 1419) xuất hiện, đứng ra cải cách. Ngài xuất thân ở tỉnh Cam Túc, lúc đầu học về Hiển giáo, sau tu theo Mật giáo, và rất nghiêm trì giới luật. Ngài nhận thấy sự trụy lạc của Lạt Ma giáo Tây Tạng, nên Ngài dồn hết tâm sức vào sự nghiệp vận động cải cách và đưa hệ thống Lạt Ma giáo Tây Tạng vào hệ thống tổ chức mới. Sau khi cải cách thành công, thì hệ thống Lạt Ma giáo mới gọi là “Hoàng mạo phái”. Phái này lấy giới luật làm nền tảng căn bản, nên thế lực bỗng trở nên mạnh mẽ, lấn áp cả thế lực của “Hồng mạo phái”. Ngài Tông Khách Ba còn dựng ra chùa Dgah-ldan ở phía Đông thủ đô Lhasa để làm đạo tràng chính cho phái Hoàng mạo. Ngài có rất nhiều đệ tử và các đệ tử còn dựng ra nhiều chùa ở các địa phương Tây Tạng truyền bá về tư tưởng của phái Hoàng mạo. Phái này dần dần trở nên có thế lực, bao nhiêu quyền bính tôn giáo và chính trị trong nước đều do đấng Pháp vương của giáo này nắm giữ. Tính chất của phái Hoàng mạo và phái Hồng mạo lại rất khác nhau. Vì Tăng lữ của phái Hồng mạo được phép lấy vợ, còn Tăng lữ thuộc phái Hoàng mạo phải sống độc thân, lấy giới luật làm căn bản.
Tới giữa đời nhà Minh, Lạt Ma giáo thuộc phái Hoàng mạo từ Tây Tạng được truyền vào Trung Quốc cùng với cựu Lạt Ma giáo song song phát triển. Nhưng sau, thế lực của phái Hoàng mạo mỗi ngày một mạnh, áp đảo hẳn thế lực của phái Hồng mạo, nên phái Hồng mạo phải rút lui về vùng sa mạc Nội Mông, và được dân tộc Mông Cổ tín ngưỡng duy trì. Tới đời Dalai-Blama thứ II thuộc phái Hoàng mạo là Ngài Phúc Hải, khi Ngài từ Tây Tạng qua Mông Cổ truyền đạo, thì dân chúng Mông Cổ hầu hết đổi theo phái Hoàng mạo. Vì Lạt Ma giáo ở Mông Cổ có quan hệ rất mật thiết với vương triều Mông Cổ nên Lạt Ma giáo vẫn được tiếp tục duy trì cho tới hiện nay.