Phật giáo với Đạo giáo: Phật giáo và Đạo giáo từ đời Nguyên trở lại không xảy ra các cuộc tranh luận quan trọng như trước, đôi bên đều chủ trương tư tưởng dung hòa và cùng phát triển. Như trên đã kể, Ngài Hám Sơn Đức Thanh đã chú thích các sách Trung Dung, Luận Ngữ, Đại Học, chủ trương điều hòa Nho giáo và Phật giáo, và bộ Quan Lão Trang Ảnh Hưởng Luận, Đạo Đức Kinh Giải, Tam Kinh Luận v.v., để dung hòa với Đạo giáo, đồng thời bàn rõ sự dị đồng của ba giáo, đưa ba giáo đến chỗ điều hòa thống nhất.
Triều đình nhà Minh đối với Phật giáo cũng như Đạo giáo đều giữ thái độ trung lập, nhưng tới đời vua Thế Tông cuối thời Minh, vì vua quá sùng tín Đạo giáo, đàn áp Phật giáo, triệt bỏ Phật điện trong chốn cung đình rồi rước Đạo giáo vào thay thế, nên Đạo giáo lại được thể hoành hành bạo động. Nhưng sau khi Thế Tông mất, Mục Tông nối ngôi, vua nhận thấy sự hoành hành của Đạo giáo, nên năm Long Khánh thứ 6 (1572), vua liền hạ lệnh cấm chỉ Đạo giáo cho nên Đạo giáo từ đó trở về sau lại suy vi.
Phật giáo với Nho giáo: Thời nhà Minh, trong Nho giáo có những phần tử cực lực bài xích Phật giáo và soạn ra rất nhiều bộ luận để công kích, ví dụ như luận Cư Nghiệp Lục của Hồ Kính Trai, Dị Đoan Biện Chính của Chiêm Lăng, Khốn Nhân Ký của La Chỉnh Am, Dạ Hành Trúc của Tào Đoan v.v., đều là những bộ luận công kích Phật giáo. Nhưng trái lại cũng có những phần tử trong Nho giáo lại vận động hộ pháp, duy trì Phật giáo như danh nho Vương Dương Minh và Trần Bạch Sa đều là những Nho gia kế thừa về hệ thống Lục Tượng Sơn, đều đem giáo lý của Phật giáo để điều hòa với Nho giáo, nên Vương Dương Minh đã xướng ra thuyết “Tri, hành hợp nhất”, và Trần Bạch Sa thì say sưa nghiên cứu về Thiền học. Ngoài ra, còn có Phật Pháp Kim Thang Biện của Tam Thai để đả kích lại sự bài xích Phật giáo của Tống Nho, bộ Tục Nguyên Giáo Luận của Trầm Sĩ Vinh bàn về sự đồng dị của ba giáo, giải đáp tất cả những mối nghi ngờ của Nho giáo đối với Phật giáo.
Tuy có sự công kích và bất hòa như trên, nhưng vì tư tưởng Phật giáo đời Minh là tư tưởng dung hòa thống nhất giáo nghĩa các tông, nên các bậc danh tăng đối với Đạo giáo và Nho giáo cũng giữ tư tưởng dung hòa. Như các Ngài Vân Thê, Đức Thanh và Trí Húc đều chủ trương dung hòa giữa Nho giáo và Phật giáo, đặc biệt Ngài Đức Thanh lại chủ trương điều hòa tất cả ba giáo. Vương Dương Minh cũng soạn ra bộ Tân Thoái Lục để thể hiện tư tưởng dung hòa giữa ba giáo.