Triều nhà Nguyên đặt ra viện Tuyên Chính ở trung ương để quản lý giáo đoàn. Nhưng ở đời Minh, Hồng Võ năm thứ nhất (1368) đời vua Thái Tổ, lại đặt ra viện Thiện Thế để thay viện Tuyên Chính. Viện này là cơ quan trung ương, đặt tại chùa Thiên Giới tại Nam Kinh, gồm có các chức Tăng quan như “Thống lĩnh”, “Phó thống lĩnh”, “Tán giáo”, “Kỷ hóa” v.v. Người giữ chức Thống lĩnh Phật giáo đương thời là danh tăng Tuệ Vân (1304 - 1371). Ngài được ban tên hiệu là “Tòng nhị phẩm, Diễn Phạm Thiện Thế Lợi Quốc Tòng Giáo Đại Thiền Sư”. Đến năm Hồng Võ thứ 15 (1382), viện Thiện Thế lại đổi ra ty Tăng Lục. Trong ty Tăng Lục có các chức như “Thiện thế”, “Xiển giáo”, “Giảng kinh”; ở các địa phương có các ty Tăng Cương, ty Tăng Chính và ty Tăng Hội tại các phủ, châu, huyện. Thể lệ thống chế của giáo đoàn đương thời là thể lệ trung ương tập quyền.
Giáo đoàn Phật giáo, theo sự thống kê vào năm Hồng Đức thứ 5 (1372), Tăng lữ và Đạo sĩ gồm có 57.200 người được cấp độ điệp, năm sau có 96.328 người được cấp. Năm Vĩnh Lạc thứ 16 có sắc lệnh hạn chế việc độ tăng, mỗi năm chỉ hạn định có 36.000 người. Nhưng tới năm Thanh Hoa thứ 12 (1476) đời vua Hiến Tông số Tăng Ni được cấp độ điệp có 100.000 người, năm thứ 22 (1486) lên tới 200.000 người. Để giữ trật tự và chỉnh đốn giáo đoàn, nên từ thời vua Thái Tổ trở về sau, cứ cách ba năm lại có một kỳ thi đọc kinh, và hạn chế người đi xuất gia, chỉ độ những người dưới 20 tuổi, còn những người đã có vợ con, những người có nghĩa vụ phải nuôi cha mẹ đều cấm chỉ không được đi xuất gia, vì thế nên giáo đoàn Phật giáo ở thời nhà Minh cũng không vĩ đại lắm.
Chế độ của các tự viện kể từ đời Tống trở lại, các chùa trong thiên hạ chia làm ba loại là chùa Thiền, chùa Giáo và chùa Luật, nhưng tới đời Minh lại đổi thành ba loại là chùa Thiền, Giảng, Giáo. Chùa Thiền là những chùa tu về Thiền định, công án; chùa Giảng là những chùa thuộc các tông Thiên Thai, Hoa Nghiêm, Pháp Tướng, Duy Thức v.v., chùa Giáo là những chùa chuyên việc Pháp sự, kỳ đảo, độ vong, khác hẳn với nội dung chùa Giáo ở đời Tống.
Tóm lại, giáo đoàn Phật giáo đời nhà Minh được lịch đại triều vua ngoại hộ, và sự thống chế của giáo đoàn được chỉnh đốn trang nghiêm, nên giáo đoàn rất trật tự. Ở thời nhà Minh, tuy Thiền tông được thịnh hành nhất, nhưng trong dân chúng lại tín ngưỡng về pháp môn niệm Phật, Tăng Ni thì thiên về Chức nghiệp hóa.