Thanh triều đối với Lạt Ma giáo thì tận lực bảo hộ. Ngay từ đời vua Thái Tổ và Thái Tông, Lạt Ma giáo cũng đã giao thiệp mật thiết với triều đình. Tuy vậy, nhưng với tính chất ủng hộ Lạt Ma giáo của Thanh triều khác với Nguyên triều, Thanh triều muốn dựa vào Lạt Ma giáo để thực hiện tinh thần kiến quốc, chính sách thống trị Mông Cổ và Tây Tạng.
Lịch đại Hoàng đế nhà Thanh, đối với Lạt Ma giáo, lẽ dĩ nhiên cũng có thực tâm tín ngưỡng tôn sùng, nhưng mục đích chính cũng là dựa vào đó để duy trì chính sách thống trị. Vì dân tộc Mông Cổ và Tây Tạng đương thời, hầu hết đều sùng bái Lạt Ma giáo, nên triều đình nhà Thanh hết sức nhu hòa với các nước đó. Tới đời vua Thế Tổ, vua sai sứ thần đi các nước giao hảo, và đón được Ngài Dalai-blama thứ V là Blo-kzan- rgya-mtsho (La Bốc Tạng Gia Mục Thác 1617 - 1680) từ Tây Tạng tới, và tặng danh hiệu là “Quốc Sư”. Theo tục lệ, triều đình nhà Thanh cứ mỗi năm thường thỉnh các vị tăng Lạt Ma từ Tây Tạng tới và trọng đãi rất hậu. Hơn nữa, triều đình còn sắc dựng các chùa, như chùa Đông Hoàng, Tây Hoàng, Hoàng Tự ở Bắc Kinh, và rất nhiều các tự viện ở các danh thắng trong toàn quốc để làm nơi truyền bá của Lạt Ma giáo. Tới niên hiệu Khang Hy năm đầu (1662) đời vua Thánh Tổ, sau khi thống nhất thiên hạ, vua càng ưu đãi các Tăng lữ Lạt Ma, đến năm Khang Hy thứ 59 (1720), vua cất quân tiến vào Tây Tạng để thực hiện hoài bão thống trị của nhà Thanh. Nhưng Lạt Ma giáo vẫn được triều đình tôn trọng. Vua Thế Tông Ung Chính khi còn là Thái tử cũng đã nhiệt tâm tôn kính Lạt Ma giáo, lúc lên ngôi, vua đổi hẳn cung điện Ung Hòa làm cung điện của Lạt Ma giáo, mặt chính thì thiết lập bàn thờ đọc kinh của Lạt Ma giáo, mỗi ngày có hàng mấy chục vị tăng Lạt Ma giáo thay phiên nhau đọc các kinh như Cát Tường Thiên Mẫu Kinh, Vô Lượng Thọ Phật Kinh, Long Vương Thủy Kinh. Sự thống chế của Lạt Ma giáo, cũng giống như cựu lai Phật giáo, có thế hệ trật tự nghiêm chỉnh. Trong khoảng niên hiệu Càn Long theo sự thống kê của viện Lý Phồn thì riêng ở Tây Tạng có 3.150 ngôi chùa và 302.500 tăng, thuộc hệ thống Đạt Lai Lạt Ma (Dalai-Blama) và 327 ngôi chùa cùng 13.700 tăng Lạt Ma thuộc hệ thống Ban Thiền Lạt Ma (Panchen-Blama). Nguyên lai hai Ngài Dalai-blama và Panchen-blama đều là đệ tử của Ngài Tông Khách Ba (Tson-kha-pa). Như vậy chứng tỏ sự hưng thịnh của Lạt Ma giáo ở Tây Tạng cũng như ở Mông Cổ và Trung Quốc buổi đương thời.