Thanh triều với Phật giáo truyền thống: Thanh triều rất tin sùng bảo hộ Lạt Ma giáo, nhưng nhà Thanh cũng muốn lợi dụng văn hóa và tư tưởng cổ truyền của Trung Quốc để giữ vững được nhân tâm người Hán, nên lịch đại Hoàng đế đời Thanh cũng tận lực bảo hộ cựu lai Phật giáo như vua Thế Tổ Thuận Trị thì tham cứu về Thiền học, cầu pháp ở Ngài Minh Giác thiền sư; vua Thánh Tổ Khang Hy cũng hộ trì Phật giáo; nhất là vua Thế Tông Ung Chính lại là một nhà học tượng của thiền tông. Vì lúc còn nhỏ, vua đã có chí nghiên cứu về Phật giáo, đặc biệt lại hâm mộ môn tham thiền, và triệt ngộ được thiền pháp, tự xưng là “Viên Minh cư” và trước tác bộ Ngự Tuyển Ngữ Lục để thể hiện chỗ mình đã chứng ngộ được. Ngoài ra, các đời vua khác cũng sắc dựng nhiều chùa viện của Phật giáo ở các nơi.
Luật tông: Luật tông ở đời nhà Thanh cũng có đôi chút phục hưng. Chùa Bảo Hoa Sơn ở Kim Lăng là một đạo tràng Luật tông phục hưng giới luật đương thời. Đời Thanh có Ngài Hương Tuyết Giới Nhuận chùa Thiên Ninh ở Thường Châu, Ngài Kiến Nguyệt Độc Thể chùa Bảo Hoa Sơn ở Kim Lăng, đều thuộc về hệ thống Nam Sơn Luật tông, phục hưng về luật. Đặc biệt, Ngài Độc Thể (1601 - 1676) rất tinh thông luật Tứ Phần, trước tác rất nhiều bộ sách liên quan đến luật, nương vào Giới đàn đồ kinh của Ngài Đạo Tuyên mà kiến lập một giới đàn gọi là “Thạch giới đàn” để làm nơi trao truyền giới luật cho Tăng, tục. Ngài Văn Hải Phúc Tụ cũng ở chùa Bảo Hoa Sơn, được vua Thế Tông Ung Chính mời tới Bắc Kinh, trụ trì chùa Pháp Nguyên để truyền bá về luật ở phương Bắc.
Lâm Tế tông: Kế thừa sự nghiệp hoằng pháp của Ngài Đức Thanh và Châu Hoằng, đương thời Lâm Tế tông có hai phái là Thiên Đồng Viên Ngộ và Khánh Sơn Viên Tu xuất hiện. Hai phái này được lịch đại triều vua quan tâm đến, và cũng có rất nhiều người kế thừa. Các chùa như Kim Sơn, Cao Mân ở Chấn Giang, chùa Thiên Ninh ở Thường Châu, chùa Thiền Nguyên ở Mục Sơn, chùa Linh Ẩn ở Hàng Châu, chùa Hoằng Pháp ở Thiên Đồng Sơn đều là những tòng lâm to lớn ở vùng Giang Nam để truyền bá về thiền Lâm Tế.
Sau ở phái Thiên Đồng Viên Ngộ có Ngài Ham Phác Tính Thông (1610 - 1666) ở chùa Hải Hội Bắc Kinh, là bậc Thiền sư của vua Thuận Trị, Ngài Ngọc Lâm Thông Tú (1614 - 1675) là danh tăng của phái Khánh Sơn Viên Tu cũng được vua Thuận Trị hậu đãi, được ban tên hiệu là “Đại Giác Thiện Tế Năng Nhân Quốc Sư”. Nhưng hai phái này từ thời vua Thế Tông Ung Chính trở về sau đều suy vi, nên Thiền tông quay trở lại tư tưởng “Thiền tịnh dung thông” của Ngài Châu Hoằng, thiếu hẳn bản chất thuần túy của thiền phong.
Tào Động tông: Tào Động tông không thịnh hành như Lâm Tế tông. Chỉ có mấy nơi là căn cứ địa truyền bá, như chùa Cổ Sơn ở Phước Châu, chùa Định Tuệ ở Tiêu Sơn, chùa Quy Nguyên ở Hán Dương v.v. Danh tăng của tông này chỉ có Ngài Đạo Bái Vi Lâm (1615 - 1702) học cả về Thiên Thai và Hoa Nghiêm. Trước tác của Ngài có Hoa Nghiêm Sớ Luận Yếu Ngữ (120 quyển), Nhân Vương Bát Nhã Kinh Hợp Sớ (3 quyển) và Hoàn Sơn Lục, Xan Hương Lục.
Tịnh độ tông: Tịnh độ tông, từ đời nhà Tống, nhà Nguyên trở lại, các tông như Thiền, Luật, Thiên Thai, Hoa Nghiêm, tông nào cũng kiêm tu cả pháp môn niệm Phật, thực hành tư tưởng điều hòa dung hợp của Phật giáo. Tổ thứ 9 của Liên tông là Tỉnh Am Thực Hiền (1686 - 1734) trước tác tập Tịnh Nghiệp Đường Quy Ước để khuyến tưởng công phu niệm Phật. Từ cuối đời nhà Thanh cho tới thời Dân quốc, có Ngài Ấn Quang, là một bậc cao đức hết lực truyền bá về Tịnh độ tông.
Giới cư sĩ Phật giáo: Ngoài các nhân vật của Phật giáo trên, không có một bậc vĩ tài nào xuất hiện để lãnh đạo Phật giáo. Giáo đoàn Phật giáo lại giữ tính cách bảo thủ trước sự tân tiến của xã hội, và kém phần nhuệ khí, nên sự hoạt động chấn hưng Phật giáo ở cuối đời Thanh đều do giới cư sĩ Phật giáo đảm đương.
Như ở đầu đời Thanh, trong giới Nho gia, có Vương Phu Chi, giỏi về môn học Pháp tướng; ở triều vua Càn Long có Bành Thiệu Thăng và bạn đồng học là Vương Đại Thân, Tiết Gia Tam, La Đài Sơn, rồi đến các nhân vật đại biểu cho cư sĩ Phật giáo đương thời là Tập Tự Chân Ngụy Nguyên, Dương Văn Hội, Đàm Tự Đồng, Chương Bính Lân, Bành Hy Tốc, Chu Mộng Nhan, Trương Sư Thành v.v. Tựu trung, Bành Thiệu Thăng (1740 - 1796) là người có tên tuổi nhất, ông vừa nghiên cứu về học thuyết Vương Dương Minh, lại nghiên cứu cả Phật học và thọ trì giới Bồ tát. Trước tác của Bành Thiệu Thăng gồm có Nhất Thừa Quyết Nghị Luận để phản kích lại sự công kích Phật giáo của Tống nho, Nhất Hạnh Cư Tập, Hoa Nghiêm Niệm Phật Tam Muội Luận, Vô Lượng Thọ Kinh Khởi Tín Luận, chủ trương về tư tưởng dung hòa thống nhất Phật giáo. Em họ của Bành Thiệu Thăng là Bành Hy Tốc cũng soạn bộ Tịnh Độ Thanh Hiền Lục ghi chép sự tu hành chứng ngộ của tiền nhân. Tới cuối đời nhà Thanh người hộ pháp hăng hái nhất là Dương Văn Hội, tức cư sĩ Dương Nhân Sơn (1837 - 1911), người phục hưng Phật giáo ở sau thời kỳ phá hoại Phật giáo của Hồng Tú Toàn cuối đời Thanh. Vì Hồng Tú Toàn phản loạn, chống lại chính quyền nhà Thanh, nên thường gọi là “Giặc tóc dài” hay loạn “Thái Bình Thiên Quốc”. Loạn này bắt đầu từ niên hiệu Đạo Quang năm thứ 13 (1833) đời vua Tuyên Tông do Hồng Tú Toàn cầm đầu, quân của Hồng Tú Toàn đông tới hơn 300 vạn người tiến đánh các tỉnh Vân Nam, Quý Châu, Tứ Xuyên, Quảng Tây, Quảng Đông, Phúc Kiến, Giang Tây, Hồ Nam, Hà Bắc, An Huy, Giang Tô, Chiết Giang, Sơn Đông, hầu khắp toàn lãnh thổ Trung Quốc, lấy quốc hiệu là “Thái Bình Thiên Quốc” đóng đô ở Nam Kinh, duy trì địa vị mãi tới năm Đồng Trị thứ 3 (1864) mới tan rã. Trong khoảng 13 năm, quân của Hồng Tú Toàn vì theo tín điều của tôn giáo ngoại lai, nên tiến đánh nơi nào, thì phá hủy hết các chùa chiền, thiêu đốt kinh tượng của Phật giáo đến gần như tuyệt tích.
Sau nạn phá Phật này, may có cư sĩ Dương Nhân Sơn đem hết năng lực tâm huyết ra để vận động hộ pháp, phục hưng Phật giáo. Trước hết là cần có sách vở để lưu truyền, nên Dương Nhân Sơn lập ra “Kim Lăng khắc kinh xứ” làm nơi ấn loát san hành kinh điển Phật giáo. Vì sau năm phá Phật của Hồng Tú Toàn, kinh điển bị thất lạc, thiếu sót, nên phải thâu nhập từ Nhật Bản. Suốt cuộc đời Dương Nhân Sơn, ông tận tụy với công việc ấn hành kinh sách, số sách Phật giáo đã in được hơn 2.000 loại để phổ biến truyền bá Phật giáo, nên Phật giáo dần dần có cơ hội phục hưng.